von Dr. Josef König

Etwa drei Jahre nach Beendigung des Human Genome Projects wurde nun von den National Institutes of Health, NIH (Bethesda, Maryland, USA), die Pilotphase eines Großprojektes begonnen, das die vollständige Erfassung aller onkologisch relevanten Veränderungen des Genoms zum Ziel hat; dieses ehrgeizige Projekt trägt den Namen The Cancer Genome Atlas (TCGA); Sie finden es unter http://cancergenome.nih.gov/.

Zwar gibt es am Wellcome Trust Sanger – Institute, Cambridge, UK, eine Datenbank, die etwa 350 mit der Entstehung von Krebs assoziierte Gene anführt – sie heißt COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) , der TCGA soll jedoch von allen Tumoren die genomische Grundlage abbilden. Da es hunderte Tumorunterarten gibt, wird TCGA das Human Genome Project in seinem Ausmaß bei weitem übertreffen.

Für die kommenden 3 Jahre stehen den beiden federführenden Instituten, nämlich dem National Cancer Institute (NCI) und dem National Human Genome Research Institute, 100 Millionen Dollar für die Erforschung der genetischen Veränderungen von drei Tumorentitäten zur Verfügung, die als Prototypen auserwählt wurden: Glioblastom – Bronchialcarcinom – Ovarialcarcinom.  Diese eigenen sich für den Beginn deswegen, weil es Gewebebanken dieser Malignome gibt.

Das TCGA-Projekt wird von Francis S. Collins, der zuvor dem Human Genome Project vorstand sowie von Anna D. Barker geleitet. Diese beiden Wissenschaftler berichten über TGCA im Spektrum der Wissenschaft 11/2007.

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MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer

von Dr. Josef König

Sicherlich ist Ihnen bei der MEDLINE-Recherche schon des öfteren am Ende des Eintrages die PMID – Nummer aufgefallen. Sie ist die kürzeste und rascheste Form in MEDLINE einen bestimmten Artikel zu finden.

Um die unten angeführte Arbeit in MEDLINE zu finden, gibt es viele Möglichkeiten, z.B.:

• dong a [au] AND crystallization [ti] AND “Nat Methods”[Journal:__jrid32338]   
• dong a [au] AND avvakumov gv [au]

Diese Methode ist umständlich, fehleranfällig und es ist nicht garantiert, dass sie ein eindeutiges Ergebniss liefert. Denn sobald der Autor Dong A in der Zeitschrift NATURE METHODS einen weiteren Artikel über crystallization schreibt, wird man eben mehr als nur diese eine gesuchte Arbeit finden. Damit die Recherche rasch ein eindeutiges Ergebnis liefert, ist lediglich die Eingabe der PMID-Nummer im Suchfeld nötig. PMID steht für PubMed Unique Identifier. Die folgenden beiden Schreibweisen sind möglich. Die zweite Form ist die exakteste, weil sie am Ende noch die Feldbezeichnung [pmid] anführt und so einen zufälligen Treffer ausschließt (es könnte ja im Text des Titels oder des Abstracts die Zahl 17982461 in anderer Bedeutung vorkommen); in der Regel ist diese Exaktheit aber nicht erforderlich und es reicht, einfach die Zahl 17982461 einzugeben und auf GO zu klicken bzw. ENTER zu drücken:

• 17982461
• 17982461 [pmid]

Tippt man übrigens mehrere PMIDs, getrennt durch ein Leerzeichen, ein, z.B. …

• 17982461 17425406
• 17982461 17425406  [pmid] 

… so erhält man auch mehrere Arbeiten, in diesem Fall zwei. D.h., MEDLINE verbindet die beiden Suchbegriffe mit dem Boole’schen Operator OR und das bedeutet, es wird die Vereinigungsmenge gefunden. (Die genaue Bedeutung der Verküpfungsbefehle AND, OR, NOT wird in einem späteren Beitrag besprochen; fürs erste braucht man sich nur zu merken, dass OR immer viel ergibt, AND wenig.)

Hier die Beispielsarbeit:

Nat Methods. 2007 Nov 4

In situ proteolysis for protein crystallization and structure determination.

Dong A, Xu X, Edwards AM; Midwest Center for Structural Genomics, Chang C, Chruszcz M, Cuff M, Cymborowski M, Leo RD, Egorova O, Evdokimova E, Filippova E, Gu J, Guthrie J, Ignatchenko A, Joachimiak A, Klostermann N, Kim Y, Korniyenko Y, Minor W, Que Q, Savchenko A, Skarina T, Tan K, Yakunin A, Yee A, Yim V, Zhang R, Zheng H; Structural Genomics Consortium, Akutsu M, Arrowsmith C, Avvakumov GV, Bochkarev A, Dahlgren LG, Dhe-Paganon S, Dimov S, Dombrovski L, Finerty P Jr, Flodin S, Flores A, Gräslund S, Hammerström M, Herman MD, Hong BS, Hui R, Johansson I, Liu Y, Nilsson M, Nedyalkova L, Nordlund P, Nyman T, Min J, Ouyang H, Park HW, Qi C, Rabeh W, Shen L, Shen Y, Sukumard D, Tempel W, Tong Y, Tresagues L, Vedadi M, Walker JR, Weigelt J, Welin M, Wu H, Xiao T, Zeng H, Zhu H. Structural Genomics Consortium, University of Toronto, 100 College Street,Toronto, Ontario M5G 1L5, Canada.

We tested the general applicability of in situ proteolysis to form protein crystals suitable for structure determination by adding a protease (chymotrypsin or trypsin) digestion step to crystallization trials of 55 bacterial and 14 human proteins that had proven recalcitrant to our best efforts at crystallization or structure determination. This is a work in progress; so far we determined structures of 9 bacterial proteins and the human aminoimidazole ribonucleotide synthetase (AIRS) domain.

PMID: 17982461

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