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AlphaFold Protein Structure Database (Developed by DeepMind and EMBL-EBI)

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AlphaFold Protein Structure Database

URL: https://alphafold.ebi.ac.uk/

Die Vorhersage der 3-dimensionalen Proteinstruktur durch einen Algorithmus einer Artificial Intelligence wurde Ende 2021 vom Journal SCIENCE zum Breakthrough of the Year gewählt.

DeepMind, eine Tochtergesellschaft von GOOGLE, gab 2020 bekannt, mittels künstlicher Intelligenz die räumliche Struktur aufgrund einer bekannten Aminosäuresequenz von Proteinen hervorsagen zu können. 2021 publizierten sie mit Hilfe des entsprechenden Programmes, AlphaFold, 350.000 Proteine. Und nun, im Jahr 2021, stellt die Firma in der gemeinsam mit dem EMBL (European Molecular Biology Laboratory) über 200 Millionen Proteine in der Datenbank AlphaFold Protein Structure Database der wissenschaftlichen Forschergemeinde zur Verfügung.

Dieser wissenschaftliche Durchbruch kann in seiner Bedeutung gar nicht hoch genug eingeschätzt werden.

LITERATUR

Jumper J, Evans R, Pritzel A, Green T, Figurnov M, Ronneberger O, et al. Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature. 2021 Aug;596(7873):583–9.
Varadi M, Anyango S, Deshpande M, Nair S, Natassia C, Yordanova G, et al. AlphaFold Protein Structure Database: massively expanding the structural coverage of protein-sequence space with high-accuracy models. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D439–44.
Thorp HH. Proteins, proteins everywhere. Science. 2021 Dec 17;374(6574):1415–1415.
VIDEOS

DEEPMIND – DeepMind’s AlphaFold 2 Explained! AI Breakthrough in Protein folding! What we know (& what we don’t)

EMBL – How to interpret AlphaFold structures

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Precision medicine in der Hämato-Onkologie

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von Dr. Josef König

MyCancerGenome ist eine Datenbank des Vanderbilt Ingram Cancer Centers zur precision medicine in der Hämato-Onkologie.

Die äußerst übersichtlich aufgebaute Datenbank verknüpft onkologische Erkrankungen mit den dazugehörenden Pathways, molekularen diagnostischen und therapeutischen Targets sowie vorhandenen Immuntherapeutika und molecular targeted drugs. Ferner wird auf laufende klinische Studien zu den einzelnen Entitäten aufmerksam gemacht. Die Inhalte werden von Mitarbeitern aus der ganzen Welt bereitgestellt.

Die Datenbank listet mehr als 800 onkologisch relevante Gene auf und zeigt graphisch 20 Pathways. Weiters werden bei jeder Erkrankung die bekannten Mutationen angeführt.

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Hier der Link: https://www.mycancergenome.org/
Video: https://youtu.be/NTLCLhAMdgU 

Die Datenbank ist auch als App für mobile Geräte verfügbar: https://www.mycancergenome.org/app/

Lit.: Taylor A.D., The Path(way) Less Traveled: A Pathway-Oriented Approach to Providing Information about Precision Cancer Medicine on My Cancer Genome: Translational Oncology, Volume 9, Number 2, April 2016, pp. 163-165 

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Cryo – Electron Microscopy: Method of the Year 2015 – Datenbanken

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von Dr. Josef König

Die Single Particle Cryo Electron Microscopy wurde von der Zeitschrift Nature Methods zur Method of the Year 2015 gewählt. Durch diese Methode gelingt eine Auflösung biologischer Makromoleküle bis in die Nähe des atomaren Bereiches. Im Jahr 2015 wurde durch die Cryo Electron microscopy erstmals die Grenze von 0,3 nm unterschritten, die bis dahin als unerreichbar galt. Aufgrund der hohen Strahlungsempfindlichkeit biologischer Komplexe können nur geringe Elektronendosen verwendet werden, sodass die Einzelaufnahme ein schlechtes Signal-Rausch-Verhältnis aufweist. Um eine hohe Abbildungsqualität zu erreichen werden bei der 3D-Rekonstruktion Datensätze verwendet, die aus mehreren 100.000 Bildern bestehen.

Spezielle Datenbanken, die sich dieser Methode widmen, sind:

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CRISPR/Cas9 – Datenbanken

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von Dr. Josef König

Die Zeitschrift SCIENCE zeichnete CRISPR/Cas9, die Genome editing technology, mit dem Titel Breakthrough of the Year 2015 aus. Obwohl erst 2012 von Emmanuelle Charpentier und Jennifer Doudna entdeckt, hat diese Technologie die Biowissenschaften innerhalb kürzester Zeit revolutioniert.

Bereits jetzt gibt es zahlreiche Datenbanken und Software tools über CRISPR/Cas9:

  • CRISPR/Cas9 tools
    Sehr ausführliche und detaillierte Zusammenstellung von Genome editing software tools und Datenbanken der Website OMICTOOLS, die insgesamt einen äußerst informativen und strukturierten Eindruck macht.
    .
  • CRISPRdb
    Datenbank der Université Paris-Sud 11.
    .
  • CrisprGE
    Diese Website versteht sich als Central Hub of Crispr based Genome Editing.
    .
    Ferner bieten zahlreiche Firmen fertige Tools und Produkte an um die CRISPR/Cas9 – Technologie anzuwenden, wie eine GOOGLE-Suche zeigt.

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Datenbanken zur Toxikologie

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Toxikologische Fragestellungen kommen in der Medizin in zahlreichen Teilbereichen, wie z.B. der Pharmazie, der forensischen Medizin, bei Vergiftungen im Rahmen von Arbeitsunfällen sowie in der Arbeits- und Umweltmedizin vor. Wissenschaftlern und Ärzten stehen zahlreiche Datenbanken mit toxikologischem Schwerpunkt zur Verfügung. Hier eine Übersicht:

NOMENKLATUR

Einleitend soll das System der CAS-Nummern erwähnt werden. Die Chemical Abstracts Service Number geht auf eine Unterabteilung der American Chemical Society zurück, eben das Chemical Abstracts Service. 1907 gegründet bemüht sich diese Institution alle chemischen Substanzen zu erfassen und mit einer CAS-Nummer eindeutig zu benennen.  2015 wurde die Zahl von 100 Millionen so erfasster chemischer Substanzen erreicht. Eine CAS-Nummer besteht aus drei Zahlen, getrennt durch 2 Bindestriche. Die dritte Zahl dient der Codierung einer Prüfsumme.

Beispielsweise lautet die CAS-Nummer für Wasser: 7732-18-5

LITERATURDATENBANKEN

TOXLINE

Diese bibliographische Datenbank der amerikanischen National Library of Medicine (NLM) umfasst den Zeitraum von 1840 bis heute und deckt den Bereich biochemischer, pharmakologischer, physiologischer und toxischer Effekte von Medikamenten und anderen Chemikalien ab. Etwa 4 Millionen Referenzen auf wissenschaftliche Artikel sind darin enthalten. Die Datenbank ist Teil des TOXNET, einer umfassenden Sammlung von Datenbanken zu dieser Thematik.

DATENBLÄTTER / TOXIKOLOGISCHE PROFILE

ChemIDplus

Verzeichnis von mehr als 400.000 Chemikalien mit Angabe von Namen, CAS-Nummer, synonymen Bezeichnungen, chemischer Struktur, Angaben zur Toxizität der Substanz an Mensch und Tier sowie zu den physikalischen Eigenschaften wie z.B. Schmelpunkt, Wasserlöslichkeit, usw. Ferner werden die Informationen zu anderen Datenbanken verlinkt. ChemIDplus gehört ebenfalls zu TOXNET.

HSDB – HAZARDOUS SUBSTANCES DATA BANK

TOXNET-Datenbank potentiell gefährlicher Stoffe mit Informationen über Vorgehen in Notfällen, Daten zur Exposition von Menschen gegenüber der Substanz, Einwirkung auf die Umwelt, ferner Angaben über Stoffe aus der Nanotechnologie.

ATSDR – AGENCY FOR TOXIC SUBSTANCES & DISEASE REGISTRY

Toxikologische Profile gefährlicher kontaminierender Substanzen.

INCHEM – CHEMICAL SAFETY INFORMATION FROM INTERGOVERNMENTAL ORGANIZATIONS

Canadische Informationssammlung über Umwelt- und Ernährungsgifte, bereitgestellt von der INCHEM.

CANCEROGENITÄT UND MUTAGENITÄT

CCRIS – CHEMICAL CARCINOGENESIS RESEARCH INFORMATION SYSTEM

Datenbank über die Cancerogenität und Mutagenität chemischer Substanzen. Ebenfalls aus der TOXNET-Familie.

CPDB – THE CARCINOGENIC POTENCY PROJECT

Datenbank der TOXNET – Gruppe zur Cancerogenität chemischer Substanzen.

SCHWANGERSCHAFT UND LACTATIONSPERIODE

DART – DEVELOPMENTAL AND REPRODUCTIVE TOXICOLOGY DATABASE

Literaturdatenbank von TOXNET über Entwicklungs- und Reproduktionstoxikologie

LactMed – DRUGS AND LACTATION DATABASE

Datenbank der TOXNET – Gruppe über Medikamente und Chemikalien in der Lactationsperiode.

 EMBRYOTOX

Deutschsprachige Datenbank über Arzneimittelsicherheit in Schwangerschaft und Stillzeit.

KMR-Liste

Liste der Karzinogenen,keimzellmutagenen und reproduktionstoxischen Stoffe.

ARBEITS- UND UMWELTMEDIZIN

HAZ-MAP – INFORMATION ON HAZARDOUS CHEMICALS AND OCCUPATIONAL DISEASES

Der besondere Schwerpunkt dieser TOXNET – Datenbank liegt auf dem Gebiet der Belastung des Arbeitsplatzes durch chemische Substanzen.

EPA – UNITED STATES ENVIRONMENTAL PROTECTION AGENCY

Website mit Informationen der EPA über Methoden, Modelle, Tools und Datenbanken folgender Teilbereiche:

> LUFT
> KLIMAWANDEL
> ÖKOSYSTEME
> HEALTH
> HOMELAND SECURITY
> LAND- UND ABFALL – MANAGEMENT
> SICHERER UMGANG MIT CHEMIKALIEN
> WASSER

TRI – TOXICS RELEASE INVENTORY

Datenbank der TOXNET – Gruppe über Chemikalien, die in Luft, Wasser und in den Boden freigesetzt werden.

TOXISCHE SUBSTANZEN IM HAUSHALT

HOUSEHOLD PRODUCTS DATABASE

Datenbank der TOXNET – Gruppe über mehr als 10.000 potentiell schädigende Substanzen im Haushalt.

RADIOAKTIVITÄT

RSDS – RADIONUCLIDE SAFETY DATA SHEETS 

Datenblätter der Stanford University über radioaktive Stoffe.

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UpToDate

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Die Volltextdatenbank UpToDate ist seit ihrer Gründung 1992 durch den an der Havard Medical School tätigen Nephrologen Prof. Dr. Burton D. Rose und Dr. Joseph Rush eine einzigartige Erfolgsgeschichte. Die Datenbank startete mit Nephrologie, erweiterte sich jedoch rasch, sodass gegenwärtig mehr als 20 medizinische Teilgebiete abgedeckt werden. UpToDate ist ein Point of Care – Informationssystem, das am Ort der Behandlung – sei es eine klinische Station, eine Ambulanz, eine Ordination oder ein Rettungsauto – die aktuellste Information zu Diagnose und Therapie zur Verfügung stellt. Dabei ist UpToDate ein sehr ausgewogener Umfang der Darstellung gelungen: weder handelt es sich nur um Überblickswissen, wie es von vielen Checklisten geboten wird noch erreichen die Ausführungen einen Umfang, der eher dem eines Lehrbuches entspricht. Auf wenigen Seiten werden, bestens strukturiert, täglich auf den neuesten Stand gebrachte Informationen geboten. Die Datenbank lässt sich durch diese Eckdaten beschreiben:

  • Datenbank des Wolters Kluwer – Verlages
  • weltweit etwa 850.000 Nutzer aus über 160 Ländern
  • 21 Millionen Abfragen monatlich
  • 22 medizinische Teildisziplinen abgedeckt
  • 6.000 Autoren aus 49 Ländern
  • die Autoren gehören zu den anerkanntesten Autoritäten ihres Fachgebietes
  • sofortige Aktualisierung, wenn neue Erkenntnisse klinisch relevant werden
  • „What’s new“ und „Practice changing updates“ informieren über hot topics
  • 10.500 medizinische Topics abgehandelt
  • klare und präzise Angaben, die sofort klinisch umgesetzt werden können
  • alle Empfehlungen basierend auf evidence based medicine
  • Wechselwirkungsdatenbank Lexi-comp integriert
  • über 140 medical calculators
  • spezielle Patienteninformationen

In einer Studie der Havard University konnte gezeigt werden, dass Kliniken, die UpToDate verwenden, die Aufenthaltsdauer ihrer Patienten senken konnten, ebenso konnte eine Qualitätsverbesserung der Patientenversorgung und vor allem ein Rückgang der Mortalität verzeichnet werden.

Die Datenbank steht ab sofort an der Universitätsklinik Wien / AKH sowie in den Krankenhäuser des KAV unter http://www.uptodate.com zur Verfügung.

 

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Normen

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Normen ermöglichen in einer hochdifferenzierten arbeitsteiligen Welt eine reibungslose Zusammenarbeit. Wie wichtig Normen sind, merkt man besonders dann, wenn sie fehlen oder wenn es in verschiedenen Ländern oder Kontinenten unterschiedliche Normen gibt.

Da Normen auch im Bereich der Wissenschaften und der Medizin von herausragender Bedeutung sind, sollen hier die wichtigsten Normungsorganisationen und ihre Datenbanken vorgestellt werden.

Eine kurze systematische Einführung in die Thematik der Normen finden Sie hier.

NATIONALE und INTERNATIONALE ORGANISATIONEN

International Organization for Standardization

National Institute of Standards and Technology (NIST)

European Committee for Standardization

Deutsches Institut für Normung e.V.

Austrian Standards

Schweizerische Normen Vereinigung (SNV)

Ein besonderes Merkmal von Normen ist, dass viele von ihnen sehr teuer im Erwerb sind. Sie können Normen, die über die Universitätsbibliothek der Medizinischen Universität Wien zugänglich sind, hier suchen:

Für spezielle Fragen stehen Ihnen die Mitarbeiter/innen der Universitätsbibliothek gerne zur Verfügung. Sie wissen auch, welche Normen über andere Bibliotheken, im speziellen über die Bibliothek der Technischen Universität Wien, zugänglich sind.

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ORPHAN DISEASES – RARE DISEASES – SELTENE ERKRANKUNGEN

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von Dr. Josef König

Der Fortschritt der Medizin ermöglicht es in zunehmendem Maße auch seltene Erkrankungen eindeutig zu diagnostizieren und in manchen Fällen auch adäquat zu therapieren. International werden seltene Erkrankungen als rare oder orphan diseases bezeichnet. Was der Ausdruck selten meint, ist nicht eindeutig festgelegt und von einem Gesundheitssystem zum anderen unterschiedlich definiert. Daher schwanken die Angaben zwischen 1:1.000 bis 1:200.000. Zwar sind die einzelnen Erkrankungen selten, der Gesamtanteil der Bevölkerung, der davon betroffen ist, ist aber doch ein erheblicher. So schätzt die European Organization for Rare Diseases (EURORDIS), dass es ca. 5.000 bis 7.000 seltene Erkrankungen gibt und etwa 30 Mio. Europäer davon betroffen sind.

Eine besondere Häufung seltener Erkrankungen kommt in Finnland vor; diese Erkrankungen werden unter dem Begriff Finnish heritage disease zusammengefasst. Auch Ashkenazische Juden leiden unter einer Häufung seltener Erkrankungen; eine Zusammenstellung dieser Erkrankungen finden Sie hier.

Im folgenden soll einerseits ein Überblick über spezielle Datenbanken zu diesem Thema gegeben werden und andererseits eine Auflistung spezialisierter Zentren, die sich in letzter Zeit etabliert haben. Ergänzend werden die wichtigsten Organisationen genannt, die sich mit mit orphan diseases beschäftigen.

 

DATENBANKEN

  • FindZebra
    FindZebra ist eine auf rare diseases spezialisierte Suchmaschine. Da normalerweise Suchmaschinen Ergebnisse bevorzugen, die häufig genannt werden, liegt bei der Suche nach seltenen Erkrankungen diesbezüglich ein Systemproblem vor. Die Datenbank entstand in Zusammenarbeit zwischen Forschern der Technischen Universität Dänemark und des Department of Computer Science des University College in London. Der Name FindZebra geht auf den Satz des amerikanischen Mediziners Th. E. Woodward zurück, der gesagt haben soll: „Wenn Sie Hufe klappern hören, erwarten Sie nicht, dass ein Zebra auftaucht.“ Meist wird es ein Pferd sein – aber manchmal eben doch auch ein Zebra, also in diesem Fall: eine seltene Erkrankung.
  • GHR (Genetics Home Reference)
    Datenbank der National Library of Medicine (NLM) über mehr als 900 genetisch bedingte Erkrankungen und Syndrome, mehr als 1.200 Gene sowie über chromosomale Veränderungen.
  • NORD (National Organization for Rare Disorders)
    Sehr ausführliche amerikanische Datenbank, die sowohl über seltene Erkrankungen als auch über die entsprechenden Einrichtungen informiert, wo diese Erkrankungen therapiert werden können.
  • ORPHANET
    Hochspezialisierte europäische Datenbank über orphan diseases. Man kann sowohl alphabetisch nach Krankheiten als auch nach medikamentösen Therapieoptionen – Orphan drugs – suchen.
  • RARE ListTM
    Auflistung von ca. 7.000 seltenen Erkrankungen, die weltweit mehr als 300 Millionen Menschen betreffen.

 

THERAPIEZENTREN

 

ORGANISATIONEN

 

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Datenbanken der Molekularbiologie

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von Dr. Josef König

Dem molekularbiologisch tätigen Forscher stehen heute weit über 1000 spezifische Datenbanken zur Verfügung. Um schnell eine Übersicht über das umfangreiche Angebot zu erhalten, bieten sich folgende Einstiegsseiten an:

Das amerikanische NCBI (National Center for Biotechnology Information) erstellt in enger Zusammenarbeit mit der NLM (National Library of Medicine) die biomedizinisch bedeutendsten Datenbanken, darunter MEDLINE und GENBANK. Eine Übersicht über alle vom NCBI bereitgestellten Datenbanken finden Sie hier:

Das europäische Pendant zum NCBI ist das EBI / EMBL (European Bioinformatics Institute / European Molecular Biology Laboratory). Eine Übersicht über alle vom EBI / EMBL bereitgestellten Datenbankenfinden Sie hier:

Besonders erwähnenswert ist, dass beide Institutionen umfangreiche Materialien zum Selbststudium als Einführung in die Bioinformatik bereitstellen:

Eine besonders ergiebige Informationsquelle mit einer extensiven Übersicht über mehr als 1500 molekularbiologische Datenbanken findet sich in der Zeitschrift Nucleic Acids Research. Der Zugriff ist kostenlos. Jährlich wird die Liste der Datenbanken aktualisiert:

Weitere Datenbanken finden Sie in meiner Datenbanksammlung MEDDB. Die Sammlung wurde in SCIENCE empfohlen.

 

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Datenbanksuche in der URL-Zeile des Browsers

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von Dr. Josef König

Viele Browser ermöglichen es, die URL-Eingabezeile so zu modifizieren, dass nach Voranstellen eines Kürzel der nachfolgende Suchstring direkt in das Eingabefeld einer Datenbank übergeben und die Suche durchgeführt wird. Der Trick besteht darin, dass an entsprechender Stelle die URL modifiziert wird, indem ein Platzhalter gesetzt wird – dieser lautet immer %s

So findet man beispielsweise im DUDEN durch Eingabe in der URL-Zeile des Browsers von d idiosynkrasie den Eintrag über den Begriff Idiosynkrasie im Wörterbuch:

Sucheingabe

Nach Eintippen von d – der Buchstabe wurde hier als Abkürzung verwendet – schreibt in diesem Fall der GOOGLE CHROME – Browser bereits DUDEN durchsuchen hin. Damit dies funktioniert, muss der entsprechende URL-Eintrag (http://www.duden.de/suchen/dudenonline/%s) zuvor an der richtigen Stelle gesetzt worden sein, wie gesagt mit %s als Platzhalter! Wie man GOOGLE CHROME für diesen Zweck richtig konfiguriert wird hier beschrieben.

Weitere Beispile finden Sie in der nachfolgenden Tabelle: so kann man mit m eine MEDLINE-Recherche starten, mit ej in den Elektronischen Journals der Medizinischen Universität Wien suchen oder mit clinicaltrial eine Studie in ClinicalTrial.gov finden (die Abkürzungen können frei gewählt werden), usw.

Natürlich funktioniert dies auch im INTERNET EXPLORER; dazu ist allerdings eine kleine Änderung in der Registry erforderlich. Wie das funktioniert habe ich hier beschrieben.
Die einfachste Variante ist die, den SearchUrl – Teil der Registry, den ich für Sie zusammengestellt habe, herunterzuladen und mit Doppelklick in Ihre Registry zu importieren. Wenn Sie diese kleine Datei mit einem Texteditor öffnen und sich ansehen, werden Sie sehen wie einfach die Struktur aufgebaut ist und wie Sie Ergänzungen leicht anfügen bzw. unproblematisch Änderungen durchführen können. Wie Sie FIREFOX entsprechend anpassen, wird hier beschrieben, wobei für FIREFOX auch ein AddOn zur Verfügung steht.

Ist man mal den Komfort dieser ultraschnellen Suche gewohnt, möchte man ihn bald nicht mehr missen. Sollte Ihnen die Schnellsuche die Arbeit erleichtern, geben Sie bitte diesen Blogbeitrag weiter.

 

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