von Dr. Josef König

Die Single Particle Cryo Electron Microscopy wurde von der Zeitschrift Nature Methods zur Method of the Year 2015 gewählt. Durch diese Methode gelingt eine Auflösung biologischer Makromoleküle bis in die Nähe des atomaren Bereiches. Im Jahr 2015 wurde durch die Cryo Electron microscopy erstmals die Grenze von 0,3 nm unterschritten, die bis dahin als unerreichbar galt. Aufgrund der hohen Strahlungsempfindlichkeit biologischer Komplexe können nur geringe Elektronendosen verwendet werden, sodass die Einzelaufnahme ein schlechtes Signal-Rausch-Verhältnis aufweist. Um eine hohe Abbildungsqualität zu erreichen werden bei der 3D-Rekonstruktion Datensätze verwendet, die aus mehreren 100.000 Bildern bestehen.

Spezielle Datenbanken, die sich dieser Methode widmen, sind:

• EMDataBank
  Diese Datenbank beinhaltet 3DEM density maps, Atom-Modelle, assoziierte Metadaten, Software-Tools, Standards für Daten sowie Validierungsmethoden. Die Provider der Datenbank stammen vom National Center for Macromolecular Imaging (Baylor College of Medicine), Houston, USA, vom Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (Rutgers University), Piscataway, USA sowie von der Protein Data Bank (EMBL-EBI), Cambridge, UK.
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• CCDB – Cell Centered Database
  Diese Datenbank entstand 1998 im Rahmen des Human Brain Projects um der biomedizinischen Community 2D, 3D und 4D – Daten aus der Licht- und Elektronenmikroskopie zur Verfügung zu stellen. Die Datenbank wird vom National Center for Microscopy and Imaging Research, University of  California, San Diego, USA betreut.
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• EMDB – Electron Microscopy Data Bank at PDBe
  Diese am EMBL-EBI installierte Datenbank ist auf die Belange der Elektronenmikroskopie spezialisiert und beinhaltet Informationen über Makromoleküle und subzelluläre Strukturen. Sie umfasst einen weiten Bereich von Techniken, inklusive single-particle analysis, electron tomography und 2D-Elektronen-Kristallographie.
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Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• CRISPR/Cas9 – Datenbanken
• Datenbanken zur Toxikologie
• UpToDate
• Normen-Datenbanken
• ORPHAN DISEASES – RARE DISEASES – SELTENE ERKRANKUNGEN
• Datenbanken der Molekularbiologie
• Datenbanksuche in der URL-Zeile des Browsers
• Faculty of 1000 – Update
• Erweiterte Literaturrecherche mit SCIRUS
• Erweiterte Literaturrecherche mit BASE
• MedTech – Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte in Deutschland
• Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse
• Biobanken-Update: Normalgewebe
• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer
• Menschen und Institutionen
• MyNCBI

DATENBANK-Seite des Autors: http://www.meddb.info

Homepage des Autors: http://www.meduniwien.ac.at.ez.srv.meduniwien.ac.at/medtools/medlist

von Dr. Josef König

Die Zeitschrift SCIENCE zeichnete CRISPR/Cas9, die Genome editing technology, mit dem Titel Breakthrough of the Year 2015 aus. Obwohl erst 2012 von Emmanuelle Charpentier und Jennifer Doudna entdeckt, hat diese Technologie die Biowissenschaften innerhalb kürzester Zeit revolutioniert.

Bereits jetzt gibt es zahlreiche Datenbanken und Software tools über CRISPR/Cas9:

• CRISPR/Cas9 tools
  Sehr ausführliche und detaillierte Zusammenstellung von Genome editing software tools und Datenbanken der Website OMICTOOLS, die insgesamt einen äußerst informativen und strukturierten Eindruck macht.
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• CRISPRdb
  Datenbank der Université Paris-Sud 11.
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• CrisprGE
  Diese Website versteht sich als Central Hub of Crispr based Genome Editing.
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  Ferner bieten zahlreiche Firmen fertige Tools und Produkte an um die CRISPR/Cas9 – Technologie anzuwenden, wie eine GOOGLE-Suche zeigt.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• Datenbanken zur Toxikologie
• UpToDate
• Normen-Datenbanken
• ORPHAN DISEASES – RARE DISEASES – SELTENE ERKRANKUNGEN
• Datenbanken der Molekularbiologie
• Datenbanksuche in der URL-Zeile des Browsers
• Faculty of 1000 – Update
• Erweiterte Literaturrecherche mit SCIRUS
• Erweiterte Literaturrecherche mit BASE
• MedTech – Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte in Deutschland
• Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse
• Biobanken-Update: Normalgewebe
• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

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Toxikologische Fragestellungen kommen in der Medizin in zahlreichen Teilbereichen, wie z.B. der Pharmazie, der forensischen Medizin, bei Vergiftungen im Rahmen von Arbeitsunfällen sowie in der Arbeits- und Umweltmedizin vor. Wissenschaftlern und Ärzten stehen zahlreiche Datenbanken mit toxikologischem Schwerpunkt zur Verfügung. Hier eine Übersicht:

NOMENKLATUR

Einleitend soll das System der CAS-Nummern erwähnt werden. Die Chemical Abstracts Service Number geht auf eine Unterabteilung der American Chemical Society zurück, eben das Chemical Abstracts Service. 1907 gegründet bemüht sich diese Institution alle chemischen Substanzen zu erfassen und mit einer CAS-Nummer eindeutig zu benennen.  2015 wurde die Zahl von 100 Millionen so erfasster chemischer Substanzen erreicht. Eine CAS-Nummer besteht aus drei Zahlen, getrennt durch 2 Bindestriche. Die dritte Zahl dient der Codierung einer Prüfsumme.

Beispielsweise lautet die CAS-Nummer für Wasser: 7732-18-5

LITERATURDATENBANKEN

TOXLINE

Diese bibliographische Datenbank der amerikanischen National Library of Medicine (NLM) umfasst den Zeitraum von 1840 bis heute und deckt den Bereich biochemischer, pharmakologischer, physiologischer und toxischer Effekte von Medikamenten und anderen Chemikalien ab. Etwa 4 Millionen Referenzen auf wissenschaftliche Artikel sind darin enthalten. Die Datenbank ist Teil des TOXNET, einer umfassenden Sammlung von Datenbanken zu dieser Thematik.

DATENBLÄTTER / TOXIKOLOGISCHE PROFILE

ChemIDplus

Verzeichnis von mehr als 400.000 Chemikalien mit Angabe von Namen, CAS-Nummer, synonymen Bezeichnungen, chemischer Struktur, Angaben zur Toxizität der Substanz an Mensch und Tier sowie zu den physikalischen Eigenschaften wie z.B. Schmelpunkt, Wasserlöslichkeit, usw. Ferner werden die Informationen zu anderen Datenbanken verlinkt. ChemIDplus gehört ebenfalls zu TOXNET.

HSDB – HAZARDOUS SUBSTANCES DATA BANK

TOXNET-Datenbank potentiell gefährlicher Stoffe mit Informationen über Vorgehen in Notfällen, Daten zur Exposition von Menschen gegenüber der Substanz, Einwirkung auf die Umwelt, ferner Angaben über Stoffe aus der Nanotechnologie.

ATSDR – AGENCY FOR TOXIC SUBSTANCES & DISEASE REGISTRY

Toxikologische Profile gefährlicher kontaminierender Substanzen.

INCHEM – CHEMICAL SAFETY INFORMATION FROM INTERGOVERNMENTAL ORGANIZATIONS

Canadische Informationssammlung über Umwelt- und Ernährungsgifte, bereitgestellt von der INCHEM.

CANCEROGENITÄT UND MUTAGENITÄT

CCRIS – CHEMICAL CARCINOGENESIS RESEARCH INFORMATION SYSTEM

Datenbank über die Cancerogenität und Mutagenität chemischer Substanzen. Ebenfalls aus der TOXNET-Familie.

CPDB – THE CARCINOGENIC POTENCY PROJECT

Datenbank der TOXNET – Gruppe zur Cancerogenität chemischer Substanzen.

SCHWANGERSCHAFT UND LACTATIONSPERIODE

DART – DEVELOPMENTAL AND REPRODUCTIVE TOXICOLOGY DATABASE

Literaturdatenbank von TOXNET über Entwicklungs- und Reproduktionstoxikologie

LactMed – DRUGS AND LACTATION DATABASE

Datenbank der TOXNET – Gruppe über Medikamente und Chemikalien in der Lactationsperiode.

 EMBRYOTOX

Deutschsprachige Datenbank über Arzneimittelsicherheit in Schwangerschaft und Stillzeit.

KMR-Liste

Liste der Karzinogenen,keimzellmutagenen und reproduktionstoxischen Stoffe.

ARBEITS- UND UMWELTMEDIZIN

HAZ-MAP – INFORMATION ON HAZARDOUS CHEMICALS AND OCCUPATIONAL DISEASES

Der besondere Schwerpunkt dieser TOXNET – Datenbank liegt auf dem Gebiet der Belastung des Arbeitsplatzes durch chemische Substanzen.

EPA – UNITED STATES ENVIRONMENTAL PROTECTION AGENCY

Website mit Informationen der EPA über Methoden, Modelle, Tools und Datenbanken folgender Teilbereiche:

> LUFT
> KLIMAWANDEL
> ÖKOSYSTEME
> HEALTH
> HOMELAND SECURITY
> LAND- UND ABFALL – MANAGEMENT
> SICHERER UMGANG MIT CHEMIKALIEN
> WASSER

TRI – TOXICS RELEASE INVENTORY

Datenbank der TOXNET – Gruppe über Chemikalien, die in Luft, Wasser und in den Boden freigesetzt werden.

TOXISCHE SUBSTANZEN IM HAUSHALT

HOUSEHOLD PRODUCTS DATABASE

Datenbank der TOXNET – Gruppe über mehr als 10.000 potentiell schädigende Substanzen im Haushalt.

RADIOAKTIVITÄT

RSDS – RADIONUCLIDE SAFETY DATA SHEETS 

Datenblätter der Stanford University über radioaktive Stoffe.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• UpToDate
• Normen-Datenbanken
• ORPHAN DISEASES – RARE DISEASES – SELTENE ERKRANKUNGEN
• Datenbanken der Molekularbiologie
• Datenbanksuche in der URL-Zeile des Browsers
• Faculty of 1000 – Update
• Erweiterte Literaturrecherche mit SCIRUS
• Erweiterte Literaturrecherche mit BASE
• MedTech – Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte in Deutschland
• Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse
• Biobanken-Update: Normalgewebe
• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
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