von Dr. Josef König

Sicherlich ist Ihnen bei der MEDLINE-Recherche schon des öfteren am Ende des Eintrages die PMID – Nummer aufgefallen. Sie ist die kürzeste und rascheste Form in MEDLINE einen bestimmten Artikel zu finden.

Um die unten angeführte Arbeit in MEDLINE zu finden, gibt es viele Möglichkeiten, z.B.:

• dong a [au] AND crystallization [ti] AND “Nat Methods”[Journal:__jrid32338]   
• dong a [au] AND avvakumov gv [au]

Diese Methode ist umständlich, fehleranfällig und es ist nicht garantiert, dass sie ein eindeutiges Ergebniss liefert. Denn sobald der Autor Dong A in der Zeitschrift NATURE METHODS einen weiteren Artikel über crystallization schreibt, wird man eben mehr als nur diese eine gesuchte Arbeit finden. Damit die Recherche rasch ein eindeutiges Ergebnis liefert, ist lediglich die Eingabe der PMID-Nummer im Suchfeld nötig. PMID steht für PubMed Unique Identifier. Die folgenden beiden Schreibweisen sind möglich. Die zweite Form ist die exakteste, weil sie am Ende noch die Feldbezeichnung [pmid] anführt und so einen zufälligen Treffer ausschließt (es könnte ja im Text des Titels oder des Abstracts die Zahl 17982461 in anderer Bedeutung vorkommen); in der Regel ist diese Exaktheit aber nicht erforderlich und es reicht, einfach die Zahl 17982461 einzugeben und auf GO zu klicken bzw. ENTER zu drücken:

• 17982461
• 17982461 [pmid]

Tippt man übrigens mehrere PMIDs, getrennt durch ein Leerzeichen, ein, z.B. …

• 17982461 17425406
• 17982461 17425406  [pmid] 

… so erhält man auch mehrere Arbeiten, in diesem Fall zwei. D.h., MEDLINE verbindet die beiden Suchbegriffe mit dem Boole’schen Operator OR und das bedeutet, es wird die Vereinigungsmenge gefunden. (Die genaue Bedeutung der Verküpfungsbefehle AND, OR, NOT wird in einem späteren Beitrag besprochen; fürs erste braucht man sich nur zu merken, dass OR immer viel ergibt, AND wenig.)

Hier die Beispielsarbeit:

Nat Methods. 2007 Nov 4

In situ proteolysis for protein crystallization and structure determination.

Dong A, Xu X, Edwards AM; Midwest Center for Structural Genomics, Chang C, Chruszcz M, Cuff M, Cymborowski M, Leo RD, Egorova O, Evdokimova E, Filippova E, Gu J, Guthrie J, Ignatchenko A, Joachimiak A, Klostermann N, Kim Y, Korniyenko Y, Minor W, Que Q, Savchenko A, Skarina T, Tan K, Yakunin A, Yee A, Yim V, Zhang R, Zheng H; Structural Genomics Consortium, Akutsu M, Arrowsmith C, Avvakumov GV, Bochkarev A, Dahlgren LG, Dhe-Paganon S, Dimov S, Dombrovski L, Finerty P Jr, Flodin S, Flores A, Gräslund S, Hammerström M, Herman MD, Hong BS, Hui R, Johansson I, Liu Y, Nilsson M, Nedyalkova L, Nordlund P, Nyman T, Min J, Ouyang H, Park HW, Qi C, Rabeh W, Shen L, Shen Y, Sukumard D, Tempel W, Tong Y, Tresagues L, Vedadi M, Walker JR, Weigelt J, Welin M, Wu H, Xiao T, Zeng H, Zhu H. Structural Genomics Consortium, University of Toronto, 100 College Street,Toronto, Ontario M5G 1L5, Canada.

We tested the general applicability of in situ proteolysis to form protein crystals suitable for structure determination by adding a protease (chymotrypsin or trypsin) digestion step to crystallization trials of 55 bacterial and 14 human proteins that had proven recalcitrant to our best efforts at crystallization or structure determination. This is a work in progress; so far we determined structures of 9 bacterial proteins and the human aminoimidazole ribonucleotide synthetase (AIRS) domain.

PMID: 17982461

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche

Am Beispiel der Medizinischen Leitlinien sollen heute Volltextdatenbanken vorgestellt werden.

AWMF

Die Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften stellt wissenschaftlich begründete Leitlinien für Diagnostik und Therapie ins Netz.

LEITLINIEN.de

Unter http://www.leitlinien.de/leitlinie finden Sie eine Zusammenstellung, erstellt vom Ärztlichen Zentrum für Qualität in der Medizin, Berlin. Hier werden auch internationale Leitlinien berücksichtigt, Leitlinienanbieter vorgestellt sowie Literatur über Leitlinien zur Verfügung gestellt.

CMA Infobase

Seite canadischer Leitlinien.

NATIONAL GUIDELINE CLEARINGHOUSE

Seite mit Leitlinien aus den USA.

Allen genannten Beispielen haftet der Mangel an, dass sie neben einigen aktuellen auch viele Leitlinien anführen, die zuletzt vor Jahren aktualisiert wurden. Dass dies nicht so sein muß, werde ich exemplarisch in weiteren Blog-Beiträgen besprechen. Trotzdem handelt es sich bei den genannten Seiten um Sammlungen, die von hervorragenden Institutionen zusammengetragen und mit sehr viel Mühe erstellt worden sind. Richtig angewandt bilden Sie eine unschätzbare Quelle an Informationen zu Diagnose und Therapie von Erkrankungen.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche

von Dr. Josef König
Die raffinierten Suchmöglichkeiten der in der Medizin am häufigsten benützten Datenbank MEDLINE werden erfahrungsgemäß nur sehr rudimentär genutzt. Daher soll in lockerer Folge in diesem Blog ein Perfektionskurs angeboten werden. Heute wollen wir uns der Suche nach Autoren widmen:

1. Sucht man nach einer Autorin mit dem Namen Asbjornsdottir, so kann man das auf die Art durchführen, wie viele es machen: man gibt den Namen im Suchfeld von MEDLINE ein, drückt auf GO und erhält das Ergebnis: 3 Arbeiten, in denen die Gesuchte Coautorin ist.
2. Diese einfache Suchart stößt spätestens dann an ihre Grenzen, wenn der Name sowohl ein Autorenname sein kann als auch der Name einer Krankheit bzw. der einer medizinhistorischen Person. Als Beispiel eignet sich hier Hodgkin. Sucht man nach Artikel, die von einem Autor dieses Namens erstellt worden sind, so würde die einfach Eingabe im Suchfeld wie oben unter (1) angeführt, zu mehr als 50.000 Treffern führen, von denen aber nur etwa 550 tatsächlich von Autoren dieses Namens verfaßt worden sind. Um die Suche spezifischer zu gestalten, gibt man hier im Suchfeld hodgkin [au] ein. Die eckige Klammer bezeichnet das gewünschte Feld, hier das Autorenfeld.
3. Solange man genau weiß, wie der Autor heißt, wird die Suche nicht so schwierig sein; anders ist dies bei Namen wie z.B. Siostrzonek. Die Möglichkeiten der Falscheingabe im Suchfeld sind zahlreich. In diesem Fall wird man sich aber vielleicht daran erinnern, dass der Name ganz sicher mit der Buchstabenkombination Sios… beginnt. Diese Anfangsbuchstaben tippt man unter LIMITS | Add Author ein. Es erscheint automatisch ein Pull Down – Menü, das die infrage kommenden Autoren anzeigt und tatsächlich reichen diese 4 Buchstaben aus, um den richtigen Namen zu finden.
4. Doch es gibt noch mehr Möglichkeiten: Möchte man wissen, wie oft der Autor als Erstautor aufscheint, so lautet die Eingabe im Suchfeld Siostrzonek [1au]; auch die Suche nach der Letztautorenschaft ist möglich: Siostrzonek [lastau]
   Eine heikle Angelegenheit ist die Recherche nach Namen mit Umlauten: MEDLINE hat in den letzten Jahren dazugelernt und akzeptiert sowohl die Eingabe von müller [au] als auch von muller [au] – in beiden Fällen erhält man die gleiche Trefferanzahl; jedoch müßte man in diesem Beispiel zur Sicherheit auch noch nach mueller [au] suchen, da es ja auch vorkommen kann, dass der Autor sich einmal mit ü und einmal mit ue schreibt.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS