von Dr. Josef König

Faculty of 1000 wurde an dieser Stelle als post publication peer review Verfahren bereits ausführlich besprochen, ebenso die Möglichkeit wissenschaftliche Poster durch den Service F1000 – Posters zu publizieren.

Heute soll auf die Möglichkeit hingewiesen werden mittels eines Filters in MEDLINE (PubMed) nur jene Arbeiten anzuzeigen, die in F1000 evaluiert wurden. Dazu benötigen Sie bei MyNCBI einen Account. Einen solchen anzulegen hat ohnehin viele (kostenlose) Vorteile und wurde von mir bereits in einem früheren Webblog-Beitrag (MEDLINE – Perfektionskurs: MyNCBI) besprochen. Ist man in MyNCBI eingeloggt, muss man folgende Schritte ausführen um in Zukunft einen zusätzlichen Filter aktivieren zu können, der eine Einschränkung auf F1000-evaluierte Artikel vollführt:

1. Scrollen Sie nach unten rechts zu „Filters“
2. Klicken Sie auf „Manage Filters“
3. Klicken Sie unter dem Punkt „Browse/Search for PubMed Filters“ auf „LinkOut“ und …
4. Geben Sie im Feld „Search with terms (optional)“ F1000* ein (den Stern * als Trunkierungszeichen nicht vergessen!), dann …
5. Klicken Sie auf „Search“
6. Im folgenden erhalten Sie dann zwei Filter vorgeschlagen, nämlich Faculty of 1000 Biology und Faculty of 1000 Medicine.

Setzen Sie danach je nach Wunsch bei einem oder beiden dieser Filter in den beiden Checkboxen („Filter“ und „Link Icon“) ein Häkchen. Fertig. Nach Aufruf von PubMed und Durchführung einer neuen Suche steht Ihnen in der rechten oberen Ecke der neue Filter „Evaluated by F1000 …“ zur Verfügung.

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WISSENSWERTES

• 22 Mitarbeiter der Medizinischen Universität Wien arbeiten derzeit an der Evaluierung wissenschaftlicher Artikel in F1000.
• 104 Artike wurden bisher von Mitarbeitern unserer Universität in F1000 evaluiert.

Zwischen F1000 und DynaMed besteht eine Kooperation. DynaMed steht allen Mitgliedern unserer Universität als Datenbank zur Verfügung.

Faculty of 1000 – Update weiterlesen →

von Dr. Josef König

Kürzlich wurde an dieser Stelle die Literaturdatenbank BASE (Bielefeld Academic Search Engine) vorgestellt. Wie diese umfasst auch SCIRUS den gesamten (!) Bereich der Wissenschaften. Literatursuchen in diesen Datenbanken lohnen sich insbesondere dann, wenn das Gesuchte in jenen Bereichen zu finden ist, wo sich Medizin mit anderen Wissensgebieten wie Biologie, Molekularbiologie, Chemie, Physik, Toxikologie, Psychologie, usw. überschneidet.

SCIRUS, eine kostenlos vom ELSEVIER-Verlag zur Verfügung gestellte Datenbank greift auf über 440 Millionen Dokumente zu. Dabei werden nicht nur wissenschaftliche Journale sondern auch graue Literatur wie z.B. Kursunterlagen oder auch die Informationen, die auf den Websites der Forscher zu finden sind, durchsucht.

Neben einer einfachen Suchmaske gibt es auch eine professionelle Version.

Eine genaue Erklärung der Suchoptionen steht zur Verfügung.

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Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• Erweiterte Literaturrecherche mit BASE
• MedTech – Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte in Deutschland
• Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse
• Biobanken-Update: Normalgewebe
• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer
• Menschen und Institutionen
• MyNCBI

DATENBANK-Seite des Autors: http://www.meddb.info

Homepage des Autors: http://www.meduniwien.ac.at/medtools/medlist

von Dr. Josef König

Die BIELEFELD ACADEMIC SEARCH ENGINE (BASE), erstellt von der Universitätsbibliothek Bielefeld, ermöglicht eine Literaturrecherche in ca. 125 Mill. Dokumenten, die aus mehr als 6.259 Quellen stammen. Neben einer einfachen Suchmaske gibt es auch eine professionelle Version. Eine genaue Erklärung der Suchoptionen steht zur Verfügung.

Im Gegensatz zu MEDLINE erstreckt sich der durchsuchte Bereich über alle Wissenschaften hinweg. Ferner werden folgende Dokumentenarten durchsucht:

• Zeitschriften
• Bücher
• Dissertationen
• Vorträge
• Multimediale Inhalte

Anders als in GOOGLE SCHOLAR, der Literatursuchmaschine von GOOGLE, werden hier die Quellen definitiv benannt. Ein Verzeichnis finden Sie hier.

BASE und GOOGLE SCHOLAR können so eine in MEDLINE durchgeführte Literaturrecherche vervollständigen.

Eine Einführung in die Suchoptionen von GOOGLE SCHOLAR finden Sie hier.

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Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• MedTech – Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte in Deutschland
• Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse
• Biobanken-Update: Normalgewebe
• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer
• Menschen und Institutionen
• MyNCBI

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von Dr. Josef König

Eine Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte wurde kürzlich von ACATECH, der Deutschen Akademie der Technikwissenschaften ins Netz gestellt. Sie umfasst Forschungsprojekte aus allen Bereichen der Medizintechnik.

Dadurch sollen mögliche Kooperationspartner leichter zueinander finden. Bis jetzt – Stand August 2011 – finden sich 1500 Projekte.

Zielgruppen dieser Datenbank sind u.a. Forscher aus technischen Forschungseinrichtungen der Medizintechnik, Ärzte, die an oder mit innovativer Medizintechnik forschen, Entwickler aus den F&E-Abteilungen der medizintechnischen Industrie, Führungspersonen aus technischen und ärztlichen Einrichtungen, die über F&E-Projekte entscheiden.

Die Suche in der Datenbank starten Sie hier

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Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse
• Biobanken-Update: Normalgewebe
• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer
• Menschen und Institutionen
• MyNCBI

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von Dr. Josef König

Eine ausreichende Zahl qualitativ hochwertiger und exakt beschriebener Bioproben ist für viele Forschungsprojekte essentiell. Um die Suche nach solchen Proben zu erleichtern sind das Fraunhofer Institut für Biomedizinische Technik (IBMT) mit seiner Biobank CRIP (Central Research Infrastructure for Molecular Pathology) und die Schweizer Biobank BBS (Stiftung Biobank Suisse) eine Kooperation eingegangen. Damit steht registrierten Benützern nach einem single sign on die simultane Suche in den Datenbanken beider Länder offen.

CRIP Partner sind derzeit die Charité, das Klinikum rechts der Isar der TU München, das Universitätsklinikum Erlangen sowie die Medizinische Universität Graz.

Die Stiftung biobank-suisse (BBS) ist ein Netzwerk von Biobanken in der Schweiz. Ziel ist es Forschern rasch Zugang zu qualitativ gut definierten Proben und Daten über eine Internet-Abfrage zu ermöglichen. BBS Partner sind: das Institut für Pathologie des Universitätsspitals Basel, das Institut für Pathologie des Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV), Lausanne sowie das Institut für Pathologie des Inselspitals Bern.

Die technischen Details, wie Sie die simultane Suchmöglichkeit von CRIP und BBS nützen können, finden Sie hier.

Biobanken – Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse weiterlesen →

von Dr. Josef König

Bereits 2008 wurde die GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP) an dieser Stelle in einem Blogbeitrag vorgestellt. Seit kurzem finden Sie in CRIP auch Normalgewebe, d.h. nicht krankhaft verändertes Gewebe, das im Rahmen von diagnostischen und therapeutischen Eingriffen angefallen ist. Registrierte User finden nun in der CRIP-Suchoberfläche nicht nur die Kategorie disease, sondern auch die Rubrik not diseased.

Das Gebiet der Biobanken befindet sich derzeit in stürmischer Entwicklung: so finden Sie beispielsweise im Deutschen Biobanken Register eine Zusammenstellung von 113 Gewebedatenbanken.

Europäische Biobanken:

• MUW – Biobank / Wien
• Isländische Biobank
• UK Biobank
• Central Research Infrastructure For Molecular Pathology (CRIP)
• European Human Tumor frozen Tissue Bank (TUBAFROST)

Biobanken in den USA:

• American Type Culture Collection (ATCC)

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Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• F1000 – Posters
• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer
• Menschen und Institutionen
• MyNCBI

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Faculty of 1000, ein äußerst interessantes und innovatives post publication peer review Verfahren zur Beurteilung hervorragender wissenschaftlicher Zeitschriftenartikel wurde an dieser Stelle schon einmal beschrieben.

Neu ist die bei F1000 inkludierte Datenbank wissenschaftlicher Poster. Unter http://posters.f1000.com/ können wissenschaftliche Poster, die auf Kongressen präsentiert worden sind, kostenlos ins Internet gestellt und so einem weltweiten Publikum dargeboten werden. Somit können die meist mühsam und mit sehr viel Arbeit und Akribie erstellten Werke ihre Information an viel mehr potentielle Rezipienten weitergeben.
Die Poster-Datenbank ist noch im Aufbau begriffen, die Grundfunktionen des Präsentierens sind jedoch bereits jetzt verfügbar. Der wissenschaftlich abgedeckte Bereich umfaßt Medizin und Biologie. Die Datenbank kann nach Konferenz oder nach wissenschaftlicher Disziplin durchsucht werden.

Der Dienst F1000 steht allen Mitgliedern der der Medizinischen Universität Wien zur Verfügung.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

• Epidemiologische Datenbanken
• Datenbanken zu klinischen Studien
• The Cancer Genome Projects
• GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)
• Guidelines in der Hämato-Onkologie
• Déjà vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations
• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
• PATHWAY – Datenbanken
• Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?
• Literaturdatenbank SCOPUS

MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
• Die PMID-Nummer
• Menschen und Institutionen
• MyNCBI

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Epidemiologische Datenbanken geben statistische Informationen über gesundheitsrelevante Daten einer Bevölkerung.  Zu den wichtigsten Kennzahlen gehören Lebenserwartung, Inzidenz und Prävalenz von Erkrankungen, Reproduktionsrate und Todesursachen. In den Datenbanken findet man auch Statistiken über Krankenstandstage. Zu den meist besonders gut dokumentierten Krankheitsgruppen gehören Infektionserkrankungen sowie Malignome.

EPIDEMIOLOGISCHE QUELLEN

Österreich
Die maßgebende Quelle ist hier die STATISTIK AUSTRIA / Gesundheit: http://www.statistik.at

Deutschland
ROBERT KOCH – INSTITUT: http://www.rki.de. Besonders erwähnenswert ist hier das Krebsregister.

Eine Vielzahl von epidemiologischenInformationen findet sich auch im FORUM GESUNDHEITSPOLITIK http://www.forum-gesundheitspolitik.de.

USA
SEER (Surveillance, Epidemiology and End Results) http://seer.cancer.gov ist die epidemiologische Datenbank des National Cancer Institutes (NCI). Hier finden sich die wichtigsten epidemiologischen Kenngrößen geordnet nach Tumorarten.

Eine gute Ergänzung ist die jährlich von der American Cancer Society zusammengefasste Statistik, die mit einem jährlichen Update im CA – A Cancer Journal for Clinicians erscheint (zuletzt die Statistik 2010)

POPLINE http://www.popline.org/ ist die größte Datenbank zum Thema Familienplanung, besonders in Entwicklungsländern sowie zu besonderen Aspekten von Fragen zur Gesundheit von Mutter und Kind.

WHO
Die WHO stellt unter http://www.who.int/topics/epidemiology/en/ weltweite epidemiologische Daten zur Verfügung; onkologisch relevante epidemiologische Informationen der WHO werden in Zuammenarbeit mit der International Agency for Research on Cancer unter http://www-dep.iarc.fr/ dargeboten.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

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• The Cancer Genome Atlas – TCGA
• GUIDELINES in der Medizin
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MEDLINE-Perfektionskurs:

• Die Autorensuche
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von Dr. Josef König

THE CANCER GENOME PROJECTS wurden von der Zeitschrift SCIENCE (Vol 322, 19.12.2008, p 1769) als Nummer 3 der 10 Breakthroughs of the Year 2008 gewählt. In diesem Blog habe ich bereits THE CANCER GENOME ATLAS (TGCA) vorgestellt, der ein Teil dieser Bemühung ist, die genetische Grundlage von Krebserkrankungen umfassend zu verstehen. Die Größe des Projektes hat ein wahrlich titanisches Ausmaß: es wird geschätzt, dass dieses vom International Cancer Genome Consortium (ICGC) geleitete Projekt 25.000 Mal größer ist als das Human Genome Project. In der Zwischenzeit wurden bereits erste Ergebnisse des TGCA-Projektes in Nature publiziert: PMID: 18772890

Weitere Informationen finden Sie hier:

• International Cancer Genome Consortium – PowerPoint-Präsentation
• The Cancer Genome Atlas – Erste Resultate
• The Cancer Genome Atlas – Data Portal
• Presseerklärung des Wellcome Trust Sanger Institutes

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