Um als große und innovative Medizinbibliothek in Europa eine effiziente Versorgung mit wissenschaftlicher Literatur und Information aus dem Fach Medizin und ihren Grenzgebieten gewährleisten zu können, nutzt die Universitätsbibliothek als Partnerin zahlreicher Kooperationen weltweit vernetzte elektronische Information und setzt zukunftsweisende Technik ein.
Im nationalen Bereich zu nennen sind die Mitgliedschaft im Österreichischen Bibliothekenverbund (OBVSG), der das Bibliotheksverbundsystem und die Österreichische Dissertationsdatenbank betreibt, sowie der 2005 erfolgte Beitritt zur Kooperation „E-Medien Österreich“, über die nationale Lizenzen für Datenbanken und elektronische Zeitschriften erworben werden.
Die Universitätsbibliothek ist auch in der Arbeitsgemeinschaft BibliotheksdirektorInnen Österreichs vertreten.
International kooperiert die Universitätsbibliothek als Lieferbibliothek mit „subito“, einem großen internationalen Dokumentenlieferdienst; weiters bestehen im Bereich der elektronischen Zeitschriften Kooperationen mit der EZB (Elektronische Zeitschriftenbibliothek Regensburg) und mit GASCO (German Austrian Swiss Consortia Organisation).