Von den virtuellen Bibliotheken getrennt, besteht eine zweite Gruppe unter diesen Beständen, die sich dadurch auszeichnen, dass sie als eigenständige Bestandsgruppen entweder wegen ihren spezifischen Inhalts und ihrer Thematik innerhalb eines Bibliotheksbestandes separiert zusammengesetzt und mit einer eigenen Registratur (Signatur) versehen sind, oder aufgrund eigener bibliotheksinterner Forschungsarbeiten (z.B. Ergebnisse der Provenienzforschung) eine eigene (virtuelle) Bestandsgruppe bilden.