{"id":25045,"date":"2016-01-05T22:23:32","date_gmt":"2016-01-05T21:23:32","guid":{"rendered":"https:\/\/ub-blog.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=25045"},"modified":"2016-01-06T15:39:14","modified_gmt":"2016-01-06T14:39:14","slug":"cryo-electron-microscopy-method-of-the-year-2015-datenbanken","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ub.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=25045","title":{"rendered":"Cryo &#8211; Electron Microscopy: Method of the Year 2015 &#8211; Datenbanken"},"content":{"rendered":"<p><span style=\"font-family: Verdana;font-size: xx-small\"><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=326\">von Dr. Josef K\u00f6nig<\/a><\/span><\/p>\n<p>Die <em><strong><a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov.ez.srv.meduniwien.ac.at\/pmc\/articles\/PMC3537914\/pdf\/nihms424028.pdf\" target=\"_blank\">Single Particle Cryo Electron Microscopy<\/a><\/strong><\/em> wurde von der Zeitschrift <em><a href=\"http:\/\/www.nature.com.ez.srv.meduniwien.ac.at\/nmeth\/\" target=\"_blank\">Nature Methods<\/a><\/em> zur <strong><em><a href=\"http:\/\/www.nature.com.ez.srv.meduniwien.ac.at\/nmeth\/journal\/v13\/n1\/index.html#sf\" target=\"_blank\">Method of the Year 2015<\/a><\/em><\/strong> gew\u00e4hlt. Durch diese Methode gelingt eine Aufl\u00f6sung biologischer Makromolek\u00fcle bis in die N\u00e4he des atomaren Bereiches. Im Jahr 2015 wurde durch die<em> Cryo Electron microscopy<\/em> erstmals die Grenze von 0,3 nm unterschritten, die bis dahin als unerreichbar galt. Aufgrund der hohen Strahlungsempfindlichkeit biologischer Komplexe k\u00f6nnen nur geringe Elektronendosen verwendet werden, sodass die Einzelaufnahme ein schlechtes Signal-Rausch-Verh\u00e4ltnis aufweist. Um eine hohe Abbildungsqualit\u00e4t zu erreichen werden bei der 3D-Rekonstruktion Datens\u00e4tze verwendet, die aus mehreren 100.000 Bildern bestehen.<\/p>\n<p>Spezielle Datenbanken, die sich dieser Methode widmen, sind:<\/p>\n<ul>\n<li><strong><a href=\"http:\/\/emdatabank.org\/\" target=\"_blank\">EMDataBank<\/a><\/strong><br \/>\nDiese <a href=\"http:\/\/emdatabank.org\/\" target=\"_blank\">Datenbank <\/a>beinhaltet 3DEM density maps, Atom-Modelle, assoziierte Metadaten, Software-Tools, Standards f\u00fcr Daten sowie Validierungsmethoden. Die Provider der Datenbank stammen vom <a href=\"http:\/\/ncmi.bcm.edu\/\" target=\"_blank\">National Center for Macromolecular Imaging <\/a>(<a href=\"https:\/\/www.bcm.edu\/\" target=\"_blank\">Baylor College of Medicine<\/a>), Houston, USA, vom <a href=\"http:\/\/home.rcsb.org\/\" target=\"_blank\">Research Collaboratory for Structural Bioinformatics <\/a>(<a href=\"http:\/\/www.rutgers.edu\/\" target=\"_blank\">Rutgers University<\/a>), Piscataway, USA sowie von der <a href=\"http:\/\/www.rcsb.org\/\" target=\"_blank\">Protein Data Bank<\/a> (EMBL-EBI), Cambridge, UK.<br \/>\n<span style=\"color: #ffffff\">.<\/span><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/ccdb.ucsd.edu\/\" target=\"_blank\"><strong>CCDB &#8211; Cell Centered Database<\/strong><\/a><br \/>\nDiese Datenbank entstand 1998 im Rahmen des <a href=\"https:\/\/www.humanbrainproject.eu\/\" target=\"_blank\">Human Brain Projects<\/a> um der biomedizinischen Community 2D, 3D und 4D &#8211; Daten aus der Licht- und Elektronenmikroskopie zur Verf\u00fcgung zu stellen. Die Datenbank wird vom <a href=\"https:\/\/ncmir.ucsd.edu\/\" target=\"_blank\">National Center for Microscopy and Imaging Research<\/a>, <a href=\"https:\/\/ucsd.edu\/\" target=\"_blank\">University of \u00a0California<\/a>, San Diego, USA betreut.<br \/>\n<span style=\"color: #ffffff\">.<\/span><\/li>\n<li><a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/pdbe\/emdb\/\" target=\"_blank\"><strong>EMDB &#8211; Electron Microscopy Data Bank at PDBe<\/strong><\/a><br \/>\nDiese am <a href=\"https:\/\/www.ebi.ac.uk\/\" target=\"_blank\">EMBL-EBI<\/a> installierte Datenbank ist auf die Belange der Elektronenmikroskopie spezialisiert und beinhaltet Informationen \u00fcber Makromolek\u00fcle und subzellul\u00e4re Strukturen. Sie umfasst einen weiten Bereich von Techniken, inklusive <em>single-particle analysis, electron tomography<\/em> und 2D-Elektronen-Kristallographie.<br \/>\n<span style=\"color: #ffffff\">.<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<hr \/>\n<p><strong>Weitere Blog-Beitr\u00e4ge des Autors:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<ul>\n<ul>\n<ul>\n<ul>\n<li><a href=\"https:\/\/ub-blog.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=25028\" target=\"_blank\">CRISPR\/Cas9 &#8211; Datenbanken<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=24847\" target=\"_blank\">Datenbanken zur Toxikologie<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=22184\" target=\"_blank\">UpToDate<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=22327\" target=\"_blank\">Normen-Datenbanken<\/a><\/li>\n<li><a title=\"Orphan diseases\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=18295\" target=\"_blank\">ORPHAN DISEASES \u2013 RARE DISEASES \u2013 SELTENE ERKRANKUNGEN<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=17389\" target=\"_blank\">Datenbanken der Molekularbiologie<\/a><\/li>\n<li><a title=\"Datenbanksuche in der URL-Zeile des Browsers\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=10004\" target=\"_blank\">Datenbanksuche in der URL-Zeile des Browsers<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=9925\" target=\"_blank\">Faculty of 1000 &#8211; Update<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=9848\" target=\"_blank\">Erweiterte Literaturrecherche mit SCIRUS<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=9661\" target=\"_blank\">Erweiterte Literaturrecherche mit BASE<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=9293\" target=\"_blank\">MedTech &#8211; Datenbank medizintechnischer Forschungsprojekte in Deutschland<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=9186\" target=\"_blank\">Biobanken-Update: Simultane Suche nach Bioproben in Deutschland und der Schweiz durch eine Kooperation von CRIP und Biobank Suisse<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=8363\" target=\"_blank\">Biobanken-Update: Normalgewebe<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=7611\" target=\"_blank\">F1000 &#8211; Posters<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=7564\" target=\"_blank\">Epidemiologische Datenbanken<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=4902\" target=\"_blank\">Datenbanken zu klinischen Studien<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=1363\" target=\"_blank\">The Cancer Genome Projects<\/a><\/li>\n<li><a title=\"CRIP\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=1272\">GEWEBEDATENBANK: Central Research Infrastructure for Molecular Pathology (CRIP)<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=1143\">Guidelines in der H\u00e4mato-Onkologie<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=1139\">D\u00e9j\u00e0 vu: Database of Highly Similar and Duplicate Citations<\/a><\/li>\n<li><a title=\"TCGA\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=445\">The Cancer Genome Atlas &#8211; TCGA<\/a><\/li>\n<li><a title=\"Guidelines\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=409\">GUIDELINES in der Medizin<\/a><\/li>\n<li><a title=\"PATHWAY DB\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=415\">PATHWAY &#8211; Datenbanken<\/a><\/li>\n<li><a title=\"Google-Scholar\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?ID_ort=9a10&amp;ID_seite=666&amp;p=353\">Kann Google-Scholar MEDLINE ersetzen?<\/a><\/li>\n<li><a title=\"SCOPUS\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=323\">Literaturdatenbank SCOPUS<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<p><strong>MEDLINE-Perfektionskurs:<\/strong><\/p>\n<ul>\n<ul>\n<ul>\n<ul>\n<ul>\n<li><a title=\"Autorensuche\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=379\">Die Autorensuche<\/a><\/li>\n<li><a title=\"PMID\" href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=429\">Die PMID-Nummer<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=495\">Menschen und Institutionen<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/remote-access.ez.srv.meduniwien.ac.at\/blog\/?p=552\">MyNCBI<\/a><\/li>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<\/ul>\n<p><strong>DATENBANK-Seite<\/strong>\u00a0des Autors:\u00a0<a href=\"http:\/\/www.meddb.info\/\">http:\/\/www.meddb.info<\/a><\/p>\n<p><strong>Homepage\u00a0<\/strong>des Autors:\u00a0<a href=\"http:\/\/www.meduniwien.ac.at.ez.srv.meduniwien.ac.at\/medtools\/medlist\">http:\/\/www.meduniwien.ac.at.ez.srv.meduniwien.ac.at\/medtools\/medlist<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>von Dr. Josef K\u00f6nig Die Single Particle Cryo Electron Microscopy wurde von der Zeitschrift Nature Methods zur Method of the Year 2015 gew\u00e4hlt. 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