Archiv der Kategorie: Datenbanken

Datenbanken

MEDLINE – Perfektionskurs: MyNCBI

Der MEDLINE-Service MyNCBI ist eine Möglichkeit Suchergebnisse von MEDLINE-Recherchen online abzuspeichern.

  1. Registrierung
     
    Um MyNCBI nützen zu können, ist eine einmalige und kostenlose Registrierung erforderlich (Einstieg: rechte obere Ecke unter MyNCBI oder am linken Bildschirmrand unter PubMedServices).
     
  2. Einloggen
     
    Sobald man sich in MyNCBI einloggt, sieht man eine Begrüßung in der rechten oberen Bildschirmecke in der Form: Welcome Username
     
  3. Welche Möglichkeiten hat man nun bei MyNCBI?
  • Abspeicherung von MEDLINE-Suchen – Save Search
     
    Eine in MEDLINE durchgeführte Suche kann mit einem Klick auf Save Search (blauer Hyperlink rechts neben dem Eingabefeld) abgespeichert werden. Der Vorteil: in myNCBI kann unter der Option Details eine zeitliche Sequenz angegeben werden, zu der die eben durchgeführte und abgespeicherte Suche erneut ausgeführt und die neuen Suchergebnisse dem Benützer per e-mail zugesandt werden. So ist es leicht möglich, auf einem genau definiertem Gebiet ständig am laufenden gehalten zu werden.
     
  • Abspeicherung von MEDLINE-Suchergebnissen – Collections
     
    Eine andere Möglichkeit ist die, einzelne Artikel zu markieren, dann mit Send To Clipboard auf das Clipboard zu kopieren und von dort weiter mit Send To MyNCBI Collections online zu speichern. Dieser Sammlung kann ein Name gegeben werden und im Laufe der Zeit kann man die Kollektion mit weiteren Suchergebnissen erweitern.

Ein ausführliches Help-File zu dieser Funktion finden Sie hier.
Der Name NCBI verweist übrigens auf das National Center for Biotechnology Information, das gemeinsam mit der National Library of Medicine (NLM) und den National Institutes of Health (NIH) die Datenbank MEDLINE erstellt.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

MEDLINE-Perfektionskurs:

Jänner`08: Dipl.-Diss. Coaching

Gecoachtes Searching für MUW-DiplomandInnen/DissertantInnen

Sie sind als MedizinstudentIn bereits weit fortgeschritten und verfassen nun Ihre Diplomarbeit bzw. Ihre Dissertation?
Bisher fanden Sie meist in PubMed, was Sie für Ihre Studienaufgaben gebraucht haben, doch jetzt braucht es eine genaue und umfangreiche Literatursuche?

Wir unterstützen/coachen Sie bei der Auswahl der Datenbanken, dem Erstellen Ihrer Suchanfrage und dem gesamten Prozess der wissenschaftlichen Sammelarbeit:

1x pro Monat, Samstag vormittags (9.30-12.30), stellen wir unser KnowHow auf dem Gebiet der wissenschaftlichen Literatursuche zur Verfügung!

    · Kleingruppen zu 6 Personen
    · Persönliche Anmeldung per eMail erforderlich unter Angabe Ihrer Bibliotheks ID-Nr. ($A………..)

Aktuelle Termine:

SA, 19. Jänner 2008, Mag. Brigitte Wildner

brigitte.wildner@meduniwien.ac.at

SA, 02. Feber 2008, Dr. Eva Chwala

eva.chwala@meduniwien.ac.at

DiplDiss_Foto_M.Hartl

MIT LectureBrowser

lecturebrowser

Ein interessantes Suchwerkzeug für jene, die nach Vorträgen im Rahmen der MIT OpenCourseWare suchen, ist der LectureBrowser des MIT. Das feine an dem Tool ist nicht der Inhalt (Video mit Untertitel), sondern die Suchfunktion im gesprochenen Text.

Der LectureBrowser durchsucht also nicht die Meta-Daten zum Video, sondern ein Transkript des Vortrags. Dadurch wird eine effektivere Suche möglich. Mit einer Einschränkung: funktioniert auf dem Firefox nicht, die Programmierer sind wohl MS Internet Explorer Liebhaber.

Ausprobieren!

Link: MIT LectureBrowser

MD CONSULT & FIRST CONSULT: Klinisches Informationssystem

MD Consult und First Consult bilden ein klinisches Informationssystem, das eine integrierte Suche über zahlreiche klinisch relevante Quellen erlaubt.

Dazu gehören:

  • Volltextartikel ausgewählter klinischer Zeitschriften (insb. Clinics of North America)
  • ca. 50 Nachschlagewerke (eBooks)
  • Arzneimittelinformationen
  • Überblick über neue Entwicklungen in den medizinischen Fachgebieten
  • kurze klinikrelevante Zusammenfassungen zu vielen Krankheiten
  • Fallberichte
  • Praxis- Leitlinien
  • Merkblätter für Patienten

MD Consult wird von über 280.000 Benutzern und über 1.700 Gesundheitsorganisationen in aller Welt eingesetzt, um den Zugriff auf Informationen zur Verbesserung von Diagnose und Behandlung zu beschleunigen.

Der Testzugang zu MD Consult und First Consult besteht bis Ende Februar 2008.

 => Link zu First Consult

=> Link zu MD Consult

 [Autor: Helmut.Dollfuss@meduniwien.ac.at]

MEDLINE – Perfektionskurs: Menschen und Institutionen

von Dr. Josef König

Suche nach medizinhistorischen Persönlichkeiten

Die Recherche nach Artikel über den englischen Pathologen Thomas Hodgkin (1798 – 1866), wird zur Suche nach der Stecknadel im Heuhaufen, sofern man die Freitextsuche verwendet und in MEDLINE einfach den Suchbegriff hodgkin eingibt. Denn auf diese Weise werden Treffer gefunden über …

  • den Morbus Hodgkin
  • die Non Hodgkin Lymphome
  • Autoren mit dem Familiennamen Hodgkin
  • Institutsnamen, die den Begriff beinhalten
  • Artikel über Thomas Hodgkin

Die Datenbank ermöglicht jedoch durch die Eingabe der Feldbezeichnung [ps] eine rasche und eindeutige Suche nach Personen; dabei steht [ps] für personal name as subject. Die Eingabe muß also lauten …

hodgkin [ps]

und man wird knapp über 100 Artikel finden; ohne die Feldbezeichnung [ps] ergibt die Freitextsuche nach hodgkin mehr als 55.000 Treffer.

Suche nach Institutionen

Möchte man wissen, welche Arbeiten an einem bestimmten Forschungszentrum oder einer Universität publiziert wurden, so eignet sich dafür die Suche im Adreßfeld [ad]. Z.B. ergibt die Kombination …

dkfz [ad] OR deutsches krebsforschungszentrum [ad] OR german cancer research center [ad]

knapp 6000 Zeitschriftenartikel. Zu beachten ist hier, dass man nicht nur eine Bezeichnung benützen darf, sondern dass ein Wortfeld gebildet werden muß, das alle infrage kommenden Bezeichnungen die diese Institution benennen können, umfaßt, wobei die Einzelbegriffe mit OR verbunden werden müssen. (Wir erinnern uns: OR ergibt immer eine große Menge, AND eine kleine.)

Verknüpft man nun Menschen und Institutionen, so kann man z.B. auch nach einem Autor namens Mayer (insgesamt über 13.000 Treffer!) suchen, der am DKFZ publiziert; die entsprechende Suche würde dann so aussehen:

mayer [au] AND (dkfz [ad] OR deutsches krebsforschungszentrum [ad] OR german cancer research center [ad])

Runde Klammern () fassen hier, wie in einer mathematischen Gleichung, die Begriffe der zweiten Teilsuche zusammen.

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MEDLINE-Perfektionskurs:

Jänner`08: Dipl.-Diss. Coaching

Gecoachtes Searching für MUW-DiplomandInnen/DissertantInnen

Sie sind als MedizinstudentIn bereits weit fortgeschritten und verfassen nun Ihre Diplomarbeit bzw. Ihre Dissertation?
Bisher fanden Sie meist in PubMed, was Sie für Ihre Studienaufgaben gebraucht haben, doch jetzt braucht es eine genaue und umfangreiche Literatursuche?

Wir unterstützen/coachen Sie bei der Auswahl der Datenbanken, dem Erstellen Ihrer Suchanfrage und dem gesamten Prozess der wissenschaftlichen Sammelarbeit:

1x pro Monat, Samstag vormittags (9.30-12.30), stellen wir unser KnowHow auf dem Gebiet der wissenschaftlichen Literatursuche zur Verfügung!

    · Kleingruppen zu 6 Personen
    · Persönliche Anmeldung per eMail erforderlich unter Angabe Ihrer Bibliotheks ID-Nr. ($A………..)

Aktuelle Termine:

SA, 19. Jänner 2008, Mag. Brigitte Wildner

brigitte.wildner@meduniwien.ac.at

SA, 02. Feber 2008, Dr. Eva Chwala

eva.chwala@meduniwien.ac.at

dsc_0173a.jpg_Foto_by_Margrit Hartl

The Cancer Genome Atlas – TCGA

von Dr. Josef König

Etwa drei Jahre nach Beendigung des Human Genome Projects wurde nun von den National Institutes of Health, NIH (Bethesda, Maryland, USA), die Pilotphase eines Großprojektes begonnen, das die vollständige Erfassung aller onkologisch relevanten Veränderungen des Genoms zum Ziel hat; dieses ehrgeizige Projekt trägt den Namen The Cancer Genome Atlas (TCGA); Sie finden es unter http://cancergenome.nih.gov/.

Zwar gibt es am Wellcome Trust Sanger – Institute, Cambridge, UK, eine Datenbank, die etwa 350 mit der Entstehung von Krebs assoziierte Gene anführt – sie heißt COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) , der TCGA soll jedoch von allen Tumoren die genomische Grundlage abbilden. Da es hunderte Tumorunterarten gibt, wird TCGA das Human Genome Project in seinem Ausmaß bei weitem übertreffen.

Für die kommenden 3 Jahre stehen den beiden federführenden Instituten, nämlich dem National Cancer Institute (NCI) und dem National Human Genome Research Institute, 100 Millionen Dollar für die Erforschung der genetischen Veränderungen von drei Tumorentitäten zur Verfügung, die als Prototypen auserwählt wurden: Glioblastom – Bronchialcarcinom – Ovarialcarcinom.  Diese eigenen sich für den Beginn deswegen, weil es Gewebebanken dieser Malignome gibt.

Das TCGA-Projekt wird von Francis S. Collins, der zuvor dem Human Genome Project vorstand sowie von Anna D. Barker geleitet. Diese beiden Wissenschaftler berichten über TGCA im Spektrum der Wissenschaft 11/2007.

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MEDLINE-Perfektionskurs:

MEDLINE-Perfektionskurs: Die PMID-Nummer

von Dr. Josef König

Sicherlich ist Ihnen bei der MEDLINE-Recherche schon des öfteren am Ende des Eintrages die PMID – Nummer aufgefallen. Sie ist die kürzeste und rascheste Form in MEDLINE einen bestimmten Artikel zu finden.

Um die unten angeführte Arbeit in MEDLINE zu finden, gibt es viele Möglichkeiten, z.B.:

  • dong a [au] AND crystallization [ti] AND “Nat Methods”[Journal:__jrid32338]   
  • dong a [au] AND avvakumov gv [au]

Diese Methode ist umständlich, fehleranfällig und es ist nicht garantiert, dass sie ein eindeutiges Ergebniss liefert. Denn sobald der Autor Dong A in der Zeitschrift NATURE METHODS einen weiteren Artikel über crystallization schreibt, wird man eben mehr als nur diese eine gesuchte Arbeit finden. Damit die Recherche rasch ein eindeutiges Ergebnis liefert, ist lediglich die Eingabe der PMID-Nummer im Suchfeld nötig. PMID steht für PubMed Unique Identifier. Die folgenden beiden Schreibweisen sind möglich. Die zweite Form ist die exakteste, weil sie am Ende noch die Feldbezeichnung [pmid] anführt und so einen zufälligen Treffer ausschließt (es könnte ja im Text des Titels oder des Abstracts die Zahl 17982461 in anderer Bedeutung vorkommen); in der Regel ist diese Exaktheit aber nicht erforderlich und es reicht, einfach die Zahl 17982461 einzugeben und auf GO zu klicken bzw. ENTER zu drücken:

  • 17982461
  • 17982461 [pmid]

Tippt man übrigens mehrere PMIDs, getrennt durch ein Leerzeichen, ein, z.B. …

  • 17982461 17425406
  • 17982461 17425406  [pmid] 

… so erhält man auch mehrere Arbeiten, in diesem Fall zwei. D.h., MEDLINE verbindet die beiden Suchbegriffe mit dem Boole’schen Operator OR und das bedeutet, es wird die Vereinigungsmenge gefunden. (Die genaue Bedeutung der Verküpfungsbefehle AND, OR, NOT wird in einem späteren Beitrag besprochen; fürs erste braucht man sich nur zu merken, dass OR immer viel ergibt, AND wenig.)

Hier die Beispielsarbeit:

Nat Methods. 2007 Nov 4

In situ proteolysis for protein crystallization and structure determination.

Dong A, Xu X, Edwards AM; Midwest Center for Structural Genomics, Chang C, Chruszcz M, Cuff M, Cymborowski M, Leo RD, Egorova O, Evdokimova E, Filippova E, Gu J, Guthrie J, Ignatchenko A, Joachimiak A, Klostermann N, Kim Y, Korniyenko Y, Minor W, Que Q, Savchenko A, Skarina T, Tan K, Yakunin A, Yee A, Yim V, Zhang R, Zheng H; Structural Genomics Consortium, Akutsu M, Arrowsmith C, Avvakumov GV, Bochkarev A, Dahlgren LG, Dhe-Paganon S, Dimov S, Dombrovski L, Finerty P Jr, Flodin S, Flores A, Gräslund S, Hammerström M, Herman MD, Hong BS, Hui R, Johansson I, Liu Y, Nilsson M, Nedyalkova L, Nordlund P, Nyman T, Min J, Ouyang H, Park HW, Qi C, Rabeh W, Shen L, Shen Y, Sukumard D, Tempel W, Tong Y, Tresagues L, Vedadi M, Walker JR, Weigelt J, Welin M, Wu H, Xiao T, Zeng H, Zhu H. Structural Genomics Consortium, University of Toronto, 100 College Street,Toronto, Ontario M5G 1L5, Canada.

We tested the general applicability of in situ proteolysis to form protein crystals suitable for structure determination by adding a protease (chymotrypsin or trypsin) digestion step to crystallization trials of 55 bacterial and 14 human proteins that had proven recalcitrant to our best efforts at crystallization or structure determination. This is a work in progress; so far we determined structures of 9 bacterial proteins and the human aminoimidazole ribonucleotide synthetase (AIRS) domain.

PMID: 17982461

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

MEDLINE-Perfektionskurs:

GUIDELINES in der Medizin

Am Beispiel der Medizinischen Leitlinien sollen heute Volltextdatenbanken vorgestellt werden.

AWMF

Die Arbeitsgemeinschaft der Wissenschaftlichen Medizinischen Fachgesellschaften stellt wissenschaftlich begründete Leitlinien für Diagnostik und Therapie ins Netz.

LEITLINIEN.de

Unter http://www.leitlinien.de/leitlinie finden Sie eine Zusammenstellung, erstellt vom Ärztlichen Zentrum für Qualität in der Medizin, Berlin. Hier werden auch internationale Leitlinien berücksichtigt, Leitlinienanbieter vorgestellt sowie Literatur über Leitlinien zur Verfügung gestellt.

CMA Infobase

Seite canadischer Leitlinien.

NATIONAL GUIDELINE CLEARINGHOUSE

Seite mit Leitlinien aus den USA.

Allen genannten Beispielen haftet der Mangel an, dass sie neben einigen aktuellen auch viele Leitlinien anführen, die zuletzt vor Jahren aktualisiert wurden. Dass dies nicht so sein muß, werde ich exemplarisch in weiteren Blog-Beiträgen besprechen. Trotzdem handelt es sich bei den genannten Seiten um Sammlungen, die von hervorragenden Institutionen zusammengetragen und mit sehr viel Mühe erstellt worden sind. Richtig angewandt bilden Sie eine unschätzbare Quelle an Informationen zu Diagnose und Therapie von Erkrankungen.

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