Archiv der Kategorie: Gastbeiträge

Gastbeiträge

Das Web verändert sich. Und der Zugang zur Medizin-Info?

von Mark Buzinkay

Wir wissen, dass mit dem Begriff „Web 2.0“ ein fundamentaler Wandel in der Geschichte des Web und der Medien des vorigen Jahrhunderts eingetreten ist: die Möglichkeit für alle, sich zu artikulieren. Viele meinen, dass sei nicht besonders sinnvoll (siehe dazu auch die Debatte über den Wert von Wikipedia), und manchmal wird es kritisch und objektiv reflektiert (siehe dazu auch das Buch von David Weinberger). Von einigen wird negiert, dass die Idee des Mitmachens zwar eine technisch realisiert, in der Web-Wirklichkeit aber eine kaum genützte ist. Die Passivität der LeserInnen steht immer noch diametral der Bereitschaft, selbst Content zu erzeugen, entgegen. Nun, eine Studie (hier als pdf zum Download.)des Pew Internet & American Life Project hat das nun widerlegt. Das heißt, dass eine neue Generation an Web-Nutzern diesen Aktivitäten nachgeht:

  • 59% aller US-Teeenager erzeugen in irgendeiner Form online Content
  • 35% aller Mädchen im Teenager-Alter bloggen, 20% sind es bei den Jungs
  • 54% aller Mädchen haben schon Fotos veröffentlicht, 19% der Burschen Videos
  • 39% aller Teenager haben schon mal künstlerische Werke publiziert (Zeichnungen, Geschichten, Videos, Bilder etc.)
  • 33% erarbeiten Inhalte auch für fremde Webseiten / Blogs
  • 27% haben ihre eigene Webseite

Die Welt der weltweit-verfügbaren Information verändert sich, die Möglichkeiten von Web 2.0 werden zunehmend von einer neuen Generation wahrgenommen und genutzt. Welche Folgen hat das aber für die online Medizin? Im Web finden sich ja zunehmend Dienste, die Web 2.0 Elemente mit medizinischer Fach-Info anbieten – sowohl für Ärzte wie auch für Patienten. Suchdienste, Fachliteratur-Anzeigen, Soziale Netzwerke sind nur drei Beispiele aus vielen. Man spricht bereits von Health 2.0, eine neue Art der online Medizin, die auch die bereits bestehenden medizinischen Services verändern wird (mehr zu Health 2.0 auch hier). Patienten versorgen sich zunehmend selbst aus dem Web mit Informationen, suchen sich Ihre Ärzte selbst aus und publizieren Ihre Erfahrungen mit Heilverfahren, Spitälern und Krankheiten. Ist unsere Medizin darauf vorbereitet?

rCache: Tool für die eigene Forschungsarbeit

von Mark Buzinkay

Heute möchte ich Ihnen ein Werkzeug vorstellen, dass nicht ausschließlich für Mediziner interessant ist, sondern für alle, die in der Forschung tätig sind: rCache.

rCache

rCache ist ein online Dienst, der die Recherche, die Sammlung und die Ordnung von Dokumenten, Webseiten, Quellen etc. an einem Platz ermöglicht. Die Möglichkeiten mit rCache sind vielfältig:

  • Bookmarking von Webseiten, Blog-Posts, Bilddateien
  • Tagging (Beschlagworten) von Inhalten
  • jederzeit über das Web verfügbar
  • alle Inhalte werden in eine Datenbank eingetragen und sind somit in einer Volltextsuche auffindbar
  • auch RSS wird angeboten
  • zudem wird auch Kollaboration mit KollegInnen ermöglicht – über die Vergabe von Lese- und Schreibrechten

rCache

Link: rCache

MedNets: Webseiten für Mediziner

von Mark Buzinkay

MedNets ist eine recht ausführliche Sammlung von Web-Quellen für medizinische Fachinformation. Die Navigation ist zwar ein wenig gewöhnungsbedürfig, aber sobald man sich zurecht gefunden hat, erhält man zu medizinischen Fachgebieten sortiert

  • Datenbanken
  • Webverzeichnis
  • Journale
  • Berufsvereinigungen (hauptsächlich USA)
  • News-Quellen
  • und Literaturempfehlungen.

Eine Suche erweitert das Informationsangebot dieser Seite, macht es deshalb nicht unbedingt bedienungsfreundlicher (alternative Medizin-Suchdienste gibt es bessere). Fazit: eine riesige Ansammlung an Fach-Info, deren Interface aber dringend überarbeitet gehört.

MedNets

Link: MedNets

MIT LectureBrowser

lecturebrowser

Ein interessantes Suchwerkzeug für jene, die nach Vorträgen im Rahmen der MIT OpenCourseWare suchen, ist der LectureBrowser des MIT. Das feine an dem Tool ist nicht der Inhalt (Video mit Untertitel), sondern die Suchfunktion im gesprochenen Text.

Der LectureBrowser durchsucht also nicht die Meta-Daten zum Video, sondern ein Transkript des Vortrags. Dadurch wird eine effektivere Suche möglich. Mit einer Einschränkung: funktioniert auf dem Firefox nicht, die Programmierer sind wohl MS Internet Explorer Liebhaber.

Ausprobieren!

Link: MIT LectureBrowser

MEDLINE – Perfektionskurs: Menschen und Institutionen

von Dr. Josef König

Suche nach medizinhistorischen Persönlichkeiten

Die Recherche nach Artikel über den englischen Pathologen Thomas Hodgkin (1798 – 1866), wird zur Suche nach der Stecknadel im Heuhaufen, sofern man die Freitextsuche verwendet und in MEDLINE einfach den Suchbegriff hodgkin eingibt. Denn auf diese Weise werden Treffer gefunden über …

  • den Morbus Hodgkin
  • die Non Hodgkin Lymphome
  • Autoren mit dem Familiennamen Hodgkin
  • Institutsnamen, die den Begriff beinhalten
  • Artikel über Thomas Hodgkin

Die Datenbank ermöglicht jedoch durch die Eingabe der Feldbezeichnung [ps] eine rasche und eindeutige Suche nach Personen; dabei steht [ps] für personal name as subject. Die Eingabe muß also lauten …

hodgkin [ps]

und man wird knapp über 100 Artikel finden; ohne die Feldbezeichnung [ps] ergibt die Freitextsuche nach hodgkin mehr als 55.000 Treffer.

Suche nach Institutionen

Möchte man wissen, welche Arbeiten an einem bestimmten Forschungszentrum oder einer Universität publiziert wurden, so eignet sich dafür die Suche im Adreßfeld [ad]. Z.B. ergibt die Kombination …

dkfz [ad] OR deutsches krebsforschungszentrum [ad] OR german cancer research center [ad]

knapp 6000 Zeitschriftenartikel. Zu beachten ist hier, dass man nicht nur eine Bezeichnung benützen darf, sondern dass ein Wortfeld gebildet werden muß, das alle infrage kommenden Bezeichnungen die diese Institution benennen können, umfaßt, wobei die Einzelbegriffe mit OR verbunden werden müssen. (Wir erinnern uns: OR ergibt immer eine große Menge, AND eine kleine.)

Verknüpft man nun Menschen und Institutionen, so kann man z.B. auch nach einem Autor namens Mayer (insgesamt über 13.000 Treffer!) suchen, der am DKFZ publiziert; die entsprechende Suche würde dann so aussehen:

mayer [au] AND (dkfz [ad] OR deutsches krebsforschungszentrum [ad] OR german cancer research center [ad])

Runde Klammern () fassen hier, wie in einer mathematischen Gleichung, die Begriffe der zweiten Teilsuche zusammen.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

MEDLINE-Perfektionskurs:

Artischocke – Verdauungsförderndes für das weihnachtliche Festmahl (Hortus Eystettensis 5)

Gastbeitrag zum Hortus Eystettensis: Artischocke

von Mag. Gilbert Zinsler

cinera cum flore_Foto_by_Margrit Hartl

Artischocke – Verdauungsförderndes für das weihnachtliche Festmahl

Die Artischocke wird bereits als Gemüse-Artischoke , Cynara Cardunculus (Cinera cum flore) unter den sommerlichen Pflanzen gereiht und findet sich dann erneut unter der Abteilung des Herbstes als Fructus Artis(ch)ochi , Cynara scolymmus. B. Belser stellt einem ganzseitigen „italienischen“ Artischockenkopf drei weitere auf der folgenden Seite gegenüber, wobei er zwischen einer Genuesischen und einer Bologneser Sorte unterscheidet. Im zugehörigen Text wird dann das italienische Bologna „Cinara maior Bolonienis“ offensichtlich mit Polen (Polonia) verwechselt und so die osteuropäische Herkunft dieser speziellen Kultursorte abgeleitet. In Realität ist der Ursprung der frostempfindlichen Artischocke aber jedenfalls im östlichen Mittelmeerraum zu sehen, wo sie als großer Strauch vorkommt. Seit der Antike ist die Pflanze als Salat, oder Gemüsepflanze bekannt. Erwähnt wurde sie bereits im spätzeitlichen Ägypten, und auf römischen Marktplätzen wurde sie teuer gehandelt. Durch Züchtung entstand die heute bekannte Artischocke, die ab 1400 ihren Siegeszug in Frankreich und Großbritannien antrat um im 15. und 16. Jahrhundert in europäischen Küchen zu großer Beliebtheit zu kommen. Bis zur französischen Revolution war die Artischocke eine Zeichen von Reichtum und vornehmer Lebensart in den Gärten des französischen Landadels. Es lässt sich also leicht nachvollziehen, dass diese Pflanze auch am fürstbischöflichen Garten nicht fehlen durfte und so in diesem Buch mehrfach abgebildet wurde.
Die Pflanze benötigt bis zu einen Quadratmeter sonnigen, warmen Platz im Garten: Aus einem kräftigen Wurzelstock treibt ein bis zu 2 Meter hoher Stengel auf dem sich große Blattrosetten bilden. Die bestachelten Blätter sind stiellos, mehrfach fiederschnittig, oben grün und von unten heller bis weißlich. Geerntet werden als Gemüse die faustgroßen Blütenköpfe, wenn sie noch geschlossen sind. Nach dem Aufblühen zeigt sich eine große, violette Blüte.
Artischocken haben eine appetitanregende und verdauungsförderende Wirkung. Der enthaltene Bitterstoff Cynarin regt die Leber- und Gallentätigkeit an und macht sie so noch heute zu einer wertvollen Heilpflanze. Im 17. Jahrhundert und auch noch später wurde jedoch insbesondere ihre aphrodisische Wirkung gerühmt.
Essbar sind als Gemüse der fleischige Teil der Schuppenblätter und der Blütenboden, die Artischockenböden, die als Delikatesse gelten. Die appetitanregenden Inhaltsstoffe der Artischocke prädestinieren die Pflanze mit dem charakteristischen Geschmack für so manchen Aperitif. In Padua wird so aus ihr seit 1953 der bekannte „Cynar“ hergestellt.

cinera cum flore_Foto_by_Margrit Hartl

cinera cum flore_Foto_by_Margrit Hartl

Weitere Beiträge von Mag. Gilbert Zinsler:

Gastbeitrag zum Hortus Eystettensis – botanische Sammelleidenschaft und barocke Pracht –>Link

Gastbeitrag zum Hortus Eystettensis: Tabak –>Link

Gastbeitrag zum Hortus Eystettensis: Botanik im Spiegel der Jahreszeiten –>Link

The Cancer Genome Atlas – TCGA

von Dr. Josef König

Etwa drei Jahre nach Beendigung des Human Genome Projects wurde nun von den National Institutes of Health, NIH (Bethesda, Maryland, USA), die Pilotphase eines Großprojektes begonnen, das die vollständige Erfassung aller onkologisch relevanten Veränderungen des Genoms zum Ziel hat; dieses ehrgeizige Projekt trägt den Namen The Cancer Genome Atlas (TCGA); Sie finden es unter http://cancergenome.nih.gov/.

Zwar gibt es am Wellcome Trust Sanger – Institute, Cambridge, UK, eine Datenbank, die etwa 350 mit der Entstehung von Krebs assoziierte Gene anführt – sie heißt COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) , der TCGA soll jedoch von allen Tumoren die genomische Grundlage abbilden. Da es hunderte Tumorunterarten gibt, wird TCGA das Human Genome Project in seinem Ausmaß bei weitem übertreffen.

Für die kommenden 3 Jahre stehen den beiden federführenden Instituten, nämlich dem National Cancer Institute (NCI) und dem National Human Genome Research Institute, 100 Millionen Dollar für die Erforschung der genetischen Veränderungen von drei Tumorentitäten zur Verfügung, die als Prototypen auserwählt wurden: Glioblastom – Bronchialcarcinom – Ovarialcarcinom.  Diese eigenen sich für den Beginn deswegen, weil es Gewebebanken dieser Malignome gibt.

Das TCGA-Projekt wird von Francis S. Collins, der zuvor dem Human Genome Project vorstand sowie von Anna D. Barker geleitet. Diese beiden Wissenschaftler berichten über TGCA im Spektrum der Wissenschaft 11/2007.

Weitere Blog-Beiträge des Autors:

MEDLINE-Perfektionskurs:

DNA-Analyse mit Navigenics

navigenics

Die US-Firma Navigenics ist eine der zahlreichen Unternehmen (siehe auch 23andMe, ein Unternehmen mit starkem Hang zu Google), die das attraktive Geschäftsfeld der persönlichen DNA-Analyse bearbeiten.  Die Betreiber erhoffen sich, dass individuelle Behandlungsmöglichkeiten auf Basis einer DNA-Analyse ermöglicht werden beziehungsweise gewisse Risken aus dem DNA-Profil ableitbar werden. Auch wenn sich bereits willige Kunden finden mögen, der Dienst ist derzeit noch nicht verfügbar.

Navigenics wird voraussichtlich die ersten DNA-Analysen durchführen. Das Versprechen, dass Navigenics abgibt, liest sich folgendermaßen:

„The Navigenics Health Compass scans your entire genetic code, looking for markers for about 20 actionable medical conditions. It provides an analysis of your chances of getting each condition, and gives you the information you need to know to take next steps.

The Navigenics Health Compass includes

  • The initial whole genome scan
  • A private Web portal with relevant health and wellness information
  • A consultation with a certified genetic counselor
  • A yearlong subscription that continuously checks your DNA against new developments in genetics
  • Updates on new prevention and treatment therapies

A limited number of reservations are available now. Get your Navigenics Health Compass for $2,500.

Was wir hier sehen ist ein neuer Dienst, der neben den DNA-Daten auch medizinische Dienste anbietet. Navigenics wird jedoch nicht den gesamten DNA-Scan an den Kunden herausgeben, sondern jeweils einen Ausschnitt, abhängig davon, ob es bereits gesicherte Daten und Verfahren gibt, die einen Zusammenhang zwischen DNA, Krankheiten und Interpretationsmöglichkeiten erlauben.

Abseits persönlicher DNA-Tests findet sich im Web ein weiterer Dienst, der stark mit DNA-Daten arbeitet – auf der Suche nach Behandlungsmöglichkeiten gegen Krebs: Oncomine.

Soziale Netzwerke für Patienten

Hier wieder ein Beispiel aus Nordamerika, wie sich Patienten (hier Menschen mit körperlichen Behinderungen) über das Web organisieren und vernetzen können: Disaboom heißt die großartige Plattform. Ärzte organisieren sich z.B. auf Sermo.

Disaboom bietet zunächst einmal eine Community, wo sich Betroffene beziehungsweise deren Angehörige austauschen, über ihre Sorgen und Ängste schreiben, aber auch Tipps & Tricks weitergeben können.  Dazu gehören auch persönliche Tools wie Profile und Blogs.

Daneben existieren zahlreiche Informationsquellen, die Hilfe im Bereich Gesundheit, Therapie, Bildung, Jobsuche, Partnerschaft und anderes. Mit zahlreichen, gut geschriebenen Artikeln, Links und anderen Inhalten wie Videos. Ein weiteres nettes Feature ist die Review / Bewertung von Lokalitäten (wie Restaurants) auf Barrierefreiheit.

Link: Disaboom

MEDLINE-Perfektionskurs: Die PMID-Nummer

von Dr. Josef König

Sicherlich ist Ihnen bei der MEDLINE-Recherche schon des öfteren am Ende des Eintrages die PMID – Nummer aufgefallen. Sie ist die kürzeste und rascheste Form in MEDLINE einen bestimmten Artikel zu finden.

Um die unten angeführte Arbeit in MEDLINE zu finden, gibt es viele Möglichkeiten, z.B.:

  • dong a [au] AND crystallization [ti] AND “Nat Methods”[Journal:__jrid32338]   
  • dong a [au] AND avvakumov gv [au]

Diese Methode ist umständlich, fehleranfällig und es ist nicht garantiert, dass sie ein eindeutiges Ergebniss liefert. Denn sobald der Autor Dong A in der Zeitschrift NATURE METHODS einen weiteren Artikel über crystallization schreibt, wird man eben mehr als nur diese eine gesuchte Arbeit finden. Damit die Recherche rasch ein eindeutiges Ergebnis liefert, ist lediglich die Eingabe der PMID-Nummer im Suchfeld nötig. PMID steht für PubMed Unique Identifier. Die folgenden beiden Schreibweisen sind möglich. Die zweite Form ist die exakteste, weil sie am Ende noch die Feldbezeichnung [pmid] anführt und so einen zufälligen Treffer ausschließt (es könnte ja im Text des Titels oder des Abstracts die Zahl 17982461 in anderer Bedeutung vorkommen); in der Regel ist diese Exaktheit aber nicht erforderlich und es reicht, einfach die Zahl 17982461 einzugeben und auf GO zu klicken bzw. ENTER zu drücken:

  • 17982461
  • 17982461 [pmid]

Tippt man übrigens mehrere PMIDs, getrennt durch ein Leerzeichen, ein, z.B. …

  • 17982461 17425406
  • 17982461 17425406  [pmid] 

… so erhält man auch mehrere Arbeiten, in diesem Fall zwei. D.h., MEDLINE verbindet die beiden Suchbegriffe mit dem Boole’schen Operator OR und das bedeutet, es wird die Vereinigungsmenge gefunden. (Die genaue Bedeutung der Verküpfungsbefehle AND, OR, NOT wird in einem späteren Beitrag besprochen; fürs erste braucht man sich nur zu merken, dass OR immer viel ergibt, AND wenig.)

Hier die Beispielsarbeit:

Nat Methods. 2007 Nov 4

In situ proteolysis for protein crystallization and structure determination.

Dong A, Xu X, Edwards AM; Midwest Center for Structural Genomics, Chang C, Chruszcz M, Cuff M, Cymborowski M, Leo RD, Egorova O, Evdokimova E, Filippova E, Gu J, Guthrie J, Ignatchenko A, Joachimiak A, Klostermann N, Kim Y, Korniyenko Y, Minor W, Que Q, Savchenko A, Skarina T, Tan K, Yakunin A, Yee A, Yim V, Zhang R, Zheng H; Structural Genomics Consortium, Akutsu M, Arrowsmith C, Avvakumov GV, Bochkarev A, Dahlgren LG, Dhe-Paganon S, Dimov S, Dombrovski L, Finerty P Jr, Flodin S, Flores A, Gräslund S, Hammerström M, Herman MD, Hong BS, Hui R, Johansson I, Liu Y, Nilsson M, Nedyalkova L, Nordlund P, Nyman T, Min J, Ouyang H, Park HW, Qi C, Rabeh W, Shen L, Shen Y, Sukumard D, Tempel W, Tong Y, Tresagues L, Vedadi M, Walker JR, Weigelt J, Welin M, Wu H, Xiao T, Zeng H, Zhu H. Structural Genomics Consortium, University of Toronto, 100 College Street,Toronto, Ontario M5G 1L5, Canada.

We tested the general applicability of in situ proteolysis to form protein crystals suitable for structure determination by adding a protease (chymotrypsin or trypsin) digestion step to crystallization trials of 55 bacterial and 14 human proteins that had proven recalcitrant to our best efforts at crystallization or structure determination. This is a work in progress; so far we determined structures of 9 bacterial proteins and the human aminoimidazole ribonucleotide synthetase (AIRS) domain.

PMID: 17982461

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MEDLINE-Perfektionskurs: