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Die sogenannte "Josephinische Bibliothek" bildet mit ihren über 7500 Werken (ca.11500 Bänden) den historischen Kern der medizingeschichtlichen Bibliothek am Institut für Geschichte der Medizin. Sie wurde ursprünglich als Lehrbibliothek für die von Joseph II.
begründete "Medicinisch – chirurgische Akademie" in dem nach ihm benannten Josephinum eingerichtet. Vermehrt wurde der Bestand noch durch private Sammlungen von Professoren, unter denen insbesondere Max Neuburger (1868-1955) als dritter Lehrkanzelinhaber am Institut für Geschichte der Medizin zu nennen ist.

Die Josephinische Bibliothek ist in einem eigenen Raum aufgestellt und wurde in den Jahren 1962-1965 erstmals systematisch in einem Katalog erfasst. Zu den damals katalogisierten Bänden kamen später noch weitere Schenkungen, sodass trotz der während der Kriegsjahre entstandenen Verluste diese Sammlung wertvoller alter medizinischer Werke eine überaus reiche und bedeutende Quelle für die medizinhistorische Forschung darstellt.

Die ursprüngliche Josephinische Lehrbibliothek sollte alle berühmten medizinischen Autoren von Hippokrates, Galen und den Arabern bis zu den zeitgenössischen Ärzten des 18. Jahrhunderts umfassen. Der Schwerpunkt der Sammlung liegt aber doch auf der Literatur der Medizin und der angrenzenden Gebiete aus dem 17/18. Jahrhundert, da diese Bücher die Grundlage für den medizinischen Unterricht bildeten. Neben der Literatur zu sämtlichen Gebieten der Medizin (besonders zur Anatomie, Chirurgie und Internen Medizin) sind auch die Botanik, Zoologie, Mineralogie, Astrologie und Alchemie vertreten. Weiters finden sich zahlreiche Werke über Geburtshilfe und Gynäkologie, eine große Abteilung pharmakologischer Werke und – wie in einer Lehrbibliothek für auszubildende Militärärzte nicht anders zu erwarten- Schriften zum Militärsanitätswesen, epidemiologische Monographien sowie Schriften zur Veterinärmedizin, insbesondere zur Pferdeheilkunde.

Als älteste Werke im Bestand sind ein Buch über die Pest (Bologna 1478) sowie 20 vor dem Jahr 1520 erschienene Inkunabeln und Frühdrucke zu nennen.
Dr. Brigitte Kranz